Die Hello-Pipeline

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Die meisten unserer Trainingskurse verwenden eine einfache domänenunabhängige pipeline, um Nextflow-Konzepte und -Mechanismen zu demonstrieren. Der Hello Nextflow-Kurs zeigt, wie diese pipeline Schritt für Schritt entwickelt wird, wobei jede Design- und Implementierungsentscheidung erklärt wird. Andere Trainings verwenden diese pipeline oder Teile davon als Ausgangspunkt.

Diese Seite fasst den Zustand der pipeline nach Abschluss des Hello Nextflow-Kurses zusammen.

Kurzbeschreibung

Der Hello-workflow nimmt eine CSV-Datei mit Grüßen, schreibt sie in separate Dateien, konvertiert jede in Großbuchstaben, sammelt sie wieder zusammen und gibt eine einzelne Textdatei aus, die ein ASCII-Bild einer lustigen Figur enthält, die die Grüße sagt.

Workflow-Schritte (Prozesse)

Die vier Schritte sind als Nextflow-processes implementiert (sayHello, convertToUpper, collectGreetings und cowpy), die in separaten Modul-Dateien gespeichert sind.

1. sayHello: Schreibt jeden Gruß in eine eigene Ausgabedatei (z.B. "Hello-output.txt")
2. convertToUpper: Konvertiert jeden Gruß in Großbuchstaben (z.B. "HELLO")
3. collectGreetings: Sammelt alle Großbuchstaben-Grüße in einer einzelnen Batch-Datei
4. cowpy: Generiert ASCII-Kunst mit dem cowpy-Tool

Diagramm

Ergebnisse

Die Ergebnisse werden in einem Verzeichnis namens results/ veröffentlicht, und die endgültige Ausgabe der pipeline (bei Ausführung mit Standardparametern) ist eine Klartextdatei mit ASCII-Kunst eines Truthahns, der die Grüße in Großbuchstaben sagt.

results/cowpy-COLLECTED-test-batch-output.txt

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/ BONJOUR \
| HELLO   |
\ HOLà    /
---------
  \                                  ,+*^^*+___+++_
  \                           ,*^^^^              )
    \                       _+*                     ^**+_
    \                    +^       _ _++*+_+++_,         )
              _+^^*+_    (     ,+*^ ^          \+_        )
            {       )  (    ,(    ,_+--+--,      ^)      ^\
            { (\@)    } f   ,(  ,+-^ __*_*_  ^^\_   ^\       )
          {:;-/    (_+*-+^^^^^+*+*<_ _++_)_    )    )      /
          ( /  (    (        ,___    ^*+_+* )   <    <      \
          U _/     )    *--<  ) ^\-----++__)   )    )       )
            (      )  _(^)^^))  )  )\^^^^^))^*+/    /       /
          (      /  (_))_^)) )  )  ))^^^^^))^^^)__/     +^^
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Je nach Kurs, in dem die pipeline vorgestellt wird, können kleine Abweichungen in den Details auftreten.

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