GitHub Codespaces¶
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GitHub Codespaces es una plataforma basada en web que nos permite proporcionar un entorno preconfigurado para el entrenamiento, respaldado por máquinas virtuales en la nube. La plataforma es operada por Github (que es propiedad de Microsoft), y es accesible de forma gratuita (con cuotas de uso) para cualquier persona con una cuenta de Github.
Advertencia
Las cuentas adjuntas a organizaciones pueden estar sujetas a ciertas restricciones adicionales. Si ese es su caso, es posible que necesite usar una cuenta personal independiente, o usar una instalación local en su lugar.
Crear una cuenta de GitHub¶
Puede crear una cuenta gratuita de GitHub desde la página principal de GitHub.
Iniciar su GitHub Codespace¶
Una vez que haya iniciado sesión en GitHub, abra este enlace en su navegador para abrir el entorno de entrenamiento de Nextflow: https://codespaces.new/nextflow-io/training?quickstart=1&ref=master
Alternativamente, puede hacer clic en el botón que se muestra a continuación, que se repite en cada curso de entrenamiento (normalmente en la página de Orientación).
Debería ver una página donde puede crear un nuevo GitHub Codespace:
Configuración¶
Para uso general, no debería necesitar configurar nada. A menos que se especifique lo contrario en el curso que está comenzando, simplemente puede hacer clic en el botón principal para continuar.
Sin embargo, es posible personalizar el entorno haciendo clic en el botón "Change options".
Opciones de configuración
Si hace clic en el botón "Change options", tendrá la opción de personalizar lo siguiente:
Branch¶
Esto le permite seleccionar una versión diferente de los materiales de entrenamiento.
La rama master generalmente contiene correcciones de errores y materiales que han sido recientemente desarrollados y aprobados pero que aún no se han publicado en el sitio web.
Otras ramas contienen trabajo en progreso que puede no ser completamente funcional.
Machine type¶
Esto le permite personalizar la máquina virtual que usará para trabajar en el entrenamiento.
Usar una máquina con más núcleos le permite aprovechar mejor la capacidad de Nextflow para paralelizar la ejecución del flujo de trabajo. Sin embargo, consumirá su asignación de cuota gratuita más rápido, por lo que no recomendamos cambiar esta configuración a menos que se aconseje en las instrucciones del curso que planea tomar.
Consulte 'Cuotas de GitHub Codespaces' a continuación para más detalles sobre las cuotas.
Tiempo de inicio¶
Abrir un nuevo entorno de GitHub Codespaces por primera vez puede tomar varios minutos, porque el sistema tiene que configurar su máquina virtual, así que no se preocupe si hay un tiempo de espera. Sin embargo, no debería tomar más de cinco minutos.
Navegar por la interfaz de entrenamiento¶
Una vez que su GitHub Codespaces haya cargado, debería ver algo similar a lo siguiente (que puede abrirse en modo claro dependiendo de las preferencias de su cuenta):
Esta es la interfaz del IDE VSCode, una aplicación popular de desarrollo de código que recomendamos usar para el desarrollo de Nextflow.
- El editor principal es donde se abrirán el código de Nextflow y otros archivos de texto. Aquí es donde editará el código. Cuando abra el codespace, esto le mostrará una vista previa del archivo
README.md. - El terminal debajo del editor principal le permite ejecutar comandos. Aquí es donde ejecutará todas las líneas de comando dadas en las instrucciones del curso.
- La barra lateral le permite personalizar su entorno y realizar tareas básicas (copiar, pegar, abrir archivos, buscar, git, etc.). Por defecto está abierta en el explorador de archivos, que le permite navegar por los contenidos del repositorio. Hacer clic en un archivo en el explorador lo abrirá dentro de la ventana del editor principal.
Puede ajustar las proporciones relativas de los paneles de ventana como desee.
Otras notas sobre el uso de GitHub Codespaces¶
Reanudar una sesión¶
Una vez que haya creado un entorno, puede reanudarlo o reiniciarlo fácilmente y continuar desde donde lo dejó. Su entorno expirará después de 30 minutos de inactividad y guardará sus cambios hasta por 2 semanas.
Puede reabrir un entorno desde https://github.com/codespaces/. Los entornos anteriores estarán listados. Haga clic en una sesión para reanudarla.
Si ha guardado la URL de su entorno anterior de GitHub Codespaces, simplemente puede abrirla en su navegador. Alternativamente, haga clic en el mismo botón que usó para crearlo en primer lugar:
Debería ver la sesión anterior, la opción predeterminada es reanudarla:
Guardar archivos en su máquina local¶
Para guardar cualquier archivo desde el panel del explorador, haga clic derecho en el archivo y seleccione Download.
Gestionar cuotas de GitHub Codespaces¶
GitHub Codespaces le da hasta 15 GB-mes de almacenamiento por mes, y 120 horas-núcleo por mes. Esto equivale a aproximadamente 60 horas de tiempo de ejecución del entorno predeterminado usando el espacio de trabajo estándar (2 núcleos, 8 GB de RAM y 32 GB de almacenamiento).
Puede crearlos con más recursos (vea la explicación anterior), pero esto consumirá su uso gratuito más rápido y tendrá menos horas de acceso a este espacio. Por ejemplo, si selecciona una máquina de 4 núcleos en lugar de la predeterminada de 2 núcleos, su cuota se agotará en la mitad del tiempo.
Opcionalmente, puede comprar acceso a más recursos.
Para más información, consulte la documentación de GitHub: Acerca de la facturación de GitHub Codespaces