Devcontainers locales

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Si tiene una instalación local de Docker o está dispuesto a instalar una, la forma más fácil de trabajar localmente con estos materiales es usar la función de devcontainer de Visual Studio Code. Este enfoque proporciona todas las herramientas y dependencias necesarias sin requerir instalación manual.

Requisitos

Para usar la configuración de devcontainer local, necesitará:

• Visual Studio Code
• Una instalación local de Docker, por ejemplo:
• Docker Desktop (para Windows/macOS)
• Docker Engine (para Linux)
• Colima (alternativa para macOS)
• Docker Buildx (incluido en Docker Desktop, pero puede necesitar instalación separada con otras configuraciones de Docker)
• Extensión Dev Containers para VS Code

Su instalación de Docker debe estar ejecutándose antes de intentar abrir el devcontainer.

Para verificar que Docker buildx está disponible, ejecute:

docker buildx version

Si este comando falla, necesitará instalar la extensión buildx antes de continuar.

Instrucciones de configuración

Siga estos pasos para configurar su entorno local usando devcontainers de VS Code:

Instalar la extensión "Dev Containers" en VS Code

• Abra VS Code
• Vaya a Extensiones (Ctrl+Shift+X o Cmd+Shift+X en macOS)
• Busque "Dev Containers"
• Haga clic en "Install"

Clonar el repositorio:

git clone https://github.com/nextflow-io/training.git
cd training

Abrir el repositorio en VS Code:

• Inicie VS Code
• Seleccione File -> Open Folder desde el menú
• Navegue hasta y seleccione la carpeta del repositorio de entrenamiento que acaba de clonar
• Haga clic en Open

Reabrir en contenedor

Si VS Code le solicita "Reopen in Container", haga clic en él. Alternativamente:

• Presione F1 (o Ctrl+Shift+P / Cmd+Shift+P en macOS)
• Escriba "Dev Containers: Reopen in Container"
• Importante: Cuando se le solicite seleccionar una configuración, elija la configuración de devcontainer local-dev

Espere a que se construya el contenedor. Esto puede tomar unos minutos la primera vez ya que descarga y configura todos los componentes necesarios.

Una vez que el contenedor esté construido y ejecutándose, tendrá un entorno completamente configurado con todas las herramientas necesarias instaladas, incluyendo:

• Java
• Nextflow
• Docker
• Git
• Y todas las demás dependencias requeridas para el entrenamiento

Beneficios de usar Devcontainers

Usar el enfoque de devcontainer ofrece varias ventajas:

• Consistencia: Asegura un entorno de desarrollo consistente en diferentes máquinas
• Simplicidad: Todas las dependencias están preinstaladas y configuradas
• Aislamiento: El entorno de desarrollo está aislado de su sistema local
• Reproducibilidad: Todos los que usan el devcontainer obtienen la misma configuración
• Sin instalación manual: No es necesario instalar manualmente Java, Nextflow y otras herramientas

Verificar su entorno

Una vez que su devcontainer esté ejecutándose, puede verificar que todo esté configurado correctamente ejecutando:

nextflow info

Esto debería mostrar la versión de Nextflow e información de tiempo de ejecución, confirmando que su entorno está correctamente configurado.

Solución de problemas

Si encuentra problemas con la configuración del devcontainer:

1. Asegúrese de que su instalación de Docker (Docker Desktop, Colima, Docker Engine, etc.) esté ejecutándose antes de abrir el devcontainer
2. Verifique que haya seleccionado la configuración local-dev cuando se le solicitó
3. Verifique que Docker buildx esté instalado y funcionando ejecutando docker buildx version
4. Si el contenedor no se construye, intente reconstruirlo ejecutando el comando "Dev Containers: Rebuild Container"
5. Para problemas persistentes, consulte la guía de solución de problemas de VS Code Dev Containers