Resumen del curso

Traducción asistida por IA - más información y sugerencias

¡Felicitaciones por completar el curso de entrenamiento Hello Nextflow! 🎉

Su viaje

Comenzó con un flujo de trabajo muy básico que ejecutaba un comando codificado de forma fija. A lo largo de seis partes, transformó ese flujo de trabajo básico en un pipeline modular de múltiples pasos que ejercita características clave de Nextflow incluyendo canales, operadores, soporte integrado para contenedores y opciones de configuración.

Lo que construyó

• La forma final del flujo de trabajo Hello toma como entrada un archivo CSV que contiene saludos de texto.
• Los cuatro pasos están implementados como procesos de Nextflow (sayHello, convertToUpper, collectGreetings y cowpy) almacenados en archivos de módulo separados.
• Los resultados se publican en un directorio llamado results/.
• La salida final del pipeline es un archivo de texto plano que contiene arte ASCII de un personaje diciendo los saludos en mayúsculas.

1. sayHello: Escribe cada saludo en su propio archivo de salida (por ejemplo, "Hello-output.txt")
2. convertToUpper: Convierte cada saludo a mayúsculas (por ejemplo, "HELLO")
3. collectGreetings: Recopila todos los saludos en mayúsculas en un único archivo de lote
4. cowpy: Genera arte ASCII usando la herramienta cowpy

La configuración del flujo de trabajo soporta proporcionar entradas y parámetros de manera flexible y reproducible.

Habilidades adquiridas

A través de este curso práctico, ha aprendido cómo:

• Describir y utilizar componentes principales de Nextflow suficientes para construir un flujo de trabajo simple de múltiples pasos
• Describir conceptos de siguiente nivel como operadores y channel factories
• Iniciar un flujo de trabajo de Nextflow localmente
• Encontrar e interpretar salidas (resultados) y archivos de registro generados por Nextflow
• Solucionar problemas básicos

Ahora está equipado con el conocimiento fundamental para comenzar a desarrollar sus propios pipelines en Nextflow.

Próximos pasos para desarrollar sus habilidades

Aquí están nuestras 3 principales sugerencias sobre qué hacer a continuación:

• Aplicar Nextflow a un caso de uso de análisis científico con Nextflow para Ciencia
• Comenzar con nf-core con Hello nf-core
• Explorar características más avanzadas de Nextflow con los Side Quests

Finalmente, le recomendamos que eche un vistazo a Seqera Platform, una plataforma basada en la nube desarrollada por los creadores de Nextflow que hace aún más fácil iniciar y gestionar sus flujos de trabajo, así como gestionar sus datos y ejecutar análisis interactivamente en cualquier entorno.

Encuesta de retroalimentación

Antes de continuar, ¡por favor tome un minuto para completar la encuesta del curso! Su retroalimentación nos ayuda a mejorar nuestros materiales de entrenamiento para todos.

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