Hello nf-corecourse¶
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Resumen del curso
Traducción asistida por IA - más información y sugerencias
Hello nf-core es una introducción práctica al uso de recursos y mejores prácticas de nf-core.
Trabajando a través de ejemplos prácticos y ejercicios guiados, aprenderá a usar y desarrollar módulos y pipelines compatibles con nf-core, y a utilizar las herramientas de nf-core de manera efectiva.
Obtendrá las habilidades y la confianza para comenzar a desarrollar pipelines de acuerdo con las mejores prácticas de nf-core.
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Información adicional
Requisitos técnicos
Necesitarás una cuenta de GitHub O una instalación local de Nextflow. Consulta Opciones de entorno para más detalles.
Objetivos de aprendizaje
- Recuperar, ejecutar y gestionar la ejecución de pipelines de nf-core
- Describir la estructura del código y la organización del proyecto de pipelines de nf-core
- Crear un pipeline básico compatible con nf-core desde una plantilla
- Actualizar un workflow de Nextflow básico para cumplir con los estándares de nf-core
- Añadir módulos de nf-core a un pipeline compatible con nf-core
- Contribuir con sus propios módulos a nf-core
- Validar entradas y parámetros utilizando las herramientas de nf-core
Audiencia y prerrequisitos
- Audiencia: Este curso está diseñado para estudiantes que ya están familiarizados con Nextflow básico y desean aprender a usar recursos y mejores prácticas de nf-core.
- Habilidades: Se asume familiaridad con la línea de comandos, conceptos básicos de scripting y formatos de archivo comunes.
- Cursos: Debe haber completado el curso Hello Nextflow o equivalente.
- Dominio: Los ejercicios son todos agnósticos al dominio, por lo que no se requiere conocimiento científico previo.
Descripción general del curso¶
Este curso está diseñado para ser práctico, con ejercicios orientados a objetivos estructurados para introducir información gradualmente.
Se le presentará nf-core, un esfuerzo comunitario para desarrollar y mantener un conjunto curado de pipelines científicos construidos usando Nextflow, así como herramientas y directrices relevantes que promueven el desarrollo abierto, las pruebas y la revisión por pares (Nat Biotechnol 38, 276–278 (2020), Genome Biol 26, 228 (2025)).
Los pipelines desarrollados por la comunidad nf-core están diseñados para ser modulares, escalables y portables, permitiendo a los investigadores adaptarlos y ejecutarlos fácilmente usando sus propios datos y recursos de cómputo. Las directrices de mejores prácticas aplicadas por el proyecto aseguran además que los pipelines sean robustos, estén bien documentados y validados contra conjuntos de datos del mundo real. Esto ayuda a aumentar la confiabilidad y reproducibilidad de los análisis científicos y, en última instancia, permite a los investigadores acelerar sus descubrimientos científicos.
No cubriremos todo lo que hay que saber sobre pipelines de nf-core en este curso, porque nf-core abarca muchas características y convenciones desarrolladas por la comunidad a lo largo de años. En su lugar, nos centraremos en los conceptos esenciales que le ayudarán a comenzar y entender cómo funciona nf-core.
Plan de lecciones¶
Hemos dividido esto en cinco partes que se enfocarán cada una en aspectos específicos del uso de recursos de nf-core.
| Capítulo del curso | Resumen | Duración estimada |
|---|---|---|
| Parte 1: Ejecutar un pipeline de demostración | Ejecutar un pipeline existente de nf-core y examinar su estructura de código para tener una idea de lo que hace diferentes a estos pipelines de los workflows básicos de Nextflow | 30 mins |
| Parte 2: Reescribir Hello para nf-core | Adaptar un workflow existente a la estructura de plantilla de nf-core, comenzando desde el workflow simple producido en el curso Hello Nextflow | 60 mins |
| Parte 3: Usar un módulo de nf-core | Explorar la biblioteca de módulos de la comunidad y aprender a integrar módulos preconstruidos y probados que envuelven herramientas bioinformáticas comunes | 30 mins |
| Parte 4: Crear un módulo de nf-core | Crear su propio módulo al estilo nf-core usando la estructura específica, convenciones de nomenclatura y requisitos de metadatos establecidos por nf-core | 30 mins |
| Parte 5: Añadir validación de entrada | Implementar validación de entrada tanto para parámetros de línea de comandos como para archivos de datos de entrada usando nf-schema | 30 mins |
Al final de este curso, podrá aprovechar la enorme riqueza de recursos ofrecidos por el proyecto nf-core.
¿Listo para tomar el curso?