Primeros pasos¶

Traducción asistida por IA - más información y sugerencias

Iniciar un entorno de entrenamiento¶

Para usar el entorno preconfigurado que proporcionamos en GitHub Codespaces, haga clic en el botón "Open in GitHub Codespaces" a continuación. Para otras opciones, consulte Opciones de entorno.

Recomendamos abrir el entorno de entrenamiento en una nueva pestaña o ventana del navegador (use clic derecho, ctrl-clic o cmd-clic según su equipo) para que pueda continuar leyendo mientras el entorno se carga. Necesitará mantener estas instrucciones abiertas en paralelo para trabajar a través del curso.

Conceptos básicos del entorno¶

Este entorno de entrenamiento contiene todo el software, código y datos necesarios para trabajar a través del curso de entrenamiento, por lo que no necesita instalar nada por su cuenta.

El codespace está configurado con una interfaz VSCode, que incluye un explorador de sistema de archivos, un editor de código y un terminal shell. Todas las instrucciones dadas durante el curso (por ejemplo, 'abrir el archivo', 'editar el código' o 'ejecutar este comando') se refieren a estas tres partes de la interfaz VSCode a menos que se especifique lo contrario.

Si está trabajando en este curso por su cuenta, por favor familiarícese con los conceptos básicos del entorno para más detalles.

Requisitos de versión¶

Este entrenamiento está diseñado para Nextflow 25.10.2 o posterior con el analizador de sintaxis v2 DESHABILITADO.

Si está usando nuestro entorno de entrenamiento:¶

DEBE ejecutar el siguiente comando antes de continuar:

export NXF_SYNTAX_PARSER=v1

Si está usando un entorno local o personalizado:¶

Por favor asegúrese de estar usando la configuración correcta como se documenta aquí.

El entrenamiento además requiere nf-core tools 3.4.1. Si usa una versión diferente de las herramientas nf-core, puede tener dificultades para seguir el curso.

Puede verificar qué versión está instalada en su entorno usando el comando nf-core --version.

Prepararse para trabajar¶

Una vez que su codespace esté funcionando, hay dos cosas que necesita hacer antes de sumergirse en el entrenamiento: establecer su directorio de trabajo para este curso específico y echar un vistazo a los materiales proporcionados.

Establecer el directorio de trabajo¶

Por defecto, el codespace se abre con el directorio de trabajo establecido en la raíz de todos los cursos de entrenamiento, pero para este curso, trabajaremos en el directorio hello-nf-core/.

Cambie de directorio ahora ejecutando este comando en el terminal:

cd hello-nf-core/

Consejo

Si por alguna razón sale de este directorio (por ejemplo, su codespace se suspende), siempre puede usar la ruta completa para volver a él, asumiendo que está ejecutando esto dentro del entorno de entrenamiento de Github Codespaces:

cd /workspaces/training/hello-nf-core

Ahora echemos un vistazo al contenido de este directorio.

Explorar los materiales proporcionados¶

Puede explorar el contenido de este directorio usando el explorador de archivos en el lado izquierdo del espacio de trabajo de entrenamiento. Alternativamente, puede usar el comando tree.

A lo largo del curso, usamos la salida de tree para representar la estructura y contenidos del directorio en una forma legible, a veces con modificaciones menores para mayor claridad.

Aquí generamos una tabla de contenidos hasta el segundo nivel:

tree . -L 2

Contenidos del directorio

.
├── greetings.csv
├── original-hello
│   ├── hello.nf
│   ├── modules
│   └── nextflow.config
└── solutions
    ├── composable-hello
    ├── core-hello-part2
    ├── core-hello-part3
    ├── core-hello-part4
    ├── core-hello-part5
    └── core-hello-start

Haga clic en el cuadro de color para expandir la sección y ver su contenido. Usamos secciones colapsables como esta para incluir la salida esperada de comandos de manera concisa.

El archivo greetings.csv es un CSV que contiene algunos datos columnares mínimos que usamos con fines de prueba.
El directorio original-hello contiene una copia del código fuente producido al trabajar a través de la serie completa de entrenamiento Hello Nextflow (con Docker habilitado).
El directorio solutions contiene los scripts de workflow completados que resultan de cada paso del curso. Están destinados a ser usados como referencia para verificar su trabajo y solucionar cualquier problema.

Lista de verificación de preparación¶

¿Cree que está listo para sumergirse?

Entiendo el objetivo de este curso y sus requisitos previos
Mi entorno está funcionando
Me he asegurado de que el analizador de sintaxis esté establecido en v1
He establecido mi directorio de trabajo apropiadamente

Si puede marcar todas las casillas, está listo para comenzar.

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