Nextflow run for Imaging

Traducción asistida por IA - más información y sugerencias

Este curso de entrenamiento está dirigido a investigadores en imagenología y biología espacial que estén interesados en ejecutar y personalizar pipelines de análisis de datos. Enseña conceptos fundamentales de Nextflow relacionados con la ejecución, organización y configuración de workflows utilizando nf-core/molkart, un pipeline para procesar datos de transcriptómica espacial de Cartografía Molecular. Las habilidades que aprenderá aquí son transferibles a cualquier pipeline de Nextflow o nf-core.

¡Comencemos! Haga clic en el botón "Open in GitHub Codespaces" a continuación para iniciar el entorno de entrenamiento (preferiblemente en una pestaña separada), luego continúe leyendo mientras se carga.

Objetivos de aprendizaje

Al trabajar en este curso, aprenderá a aplicar conceptos y herramientas fundamentales de Nextflow para ejecutar pipelines de análisis de imágenes.

Al final de este taller será capaz de:

• Lanzar un workflow de Nextflow localmente y monitorear la ejecución
• Encontrar e interpretar salidas (resultados) y archivos de registro generados por Nextflow
• Ejecutar un pipeline de nf-core con datos de prueba y entradas personalizadas
• Configurar la ejecución del pipeline usando perfiles y archivos de parámetros
• Gestionar entradas utilizando hojas de muestras y parámetros de línea de comandos

Audiencia y requisitos previos

Este curso asume cierta familiaridad mínima con lo siguiente:

• Experiencia con la línea de comandos
• Familiaridad básica con formatos de archivos de imágenes (imágenes TIFF, datos tabulares)

Para requisitos técnicos y configuración del entorno, consulte el mini-curso de Configuración del Entorno.