Nextflow pour la Génomique¶
Traduction assistée par IA - en savoir plus et suggérer des améliorations
Cette formation est destinée aux chercheur·euses en génomique et domaines connexes qui souhaitent développer ou personnaliser des pipelines d'analyse de données. Elle s'appuie sur la formation pour débutants Hello Nextflow et démontre comment utiliser Nextflow dans le contexte spécifique du domaine de la génomique.
Plus précisément, ce cours démontre comment implémenter un pipeline simple d'appel de variants avec GATK (Genome Analysis Toolkit), un ensemble logiciel largement utilisé pour l'analyse de données de séquençage à haut débit.
Commençons ! Cliquez sur le bouton « Open in GitHub Codespaces » ci-dessous pour lancer l'environnement de formation (de préférence dans un onglet séparé), puis poursuivez la lecture pendant le chargement.
Objectifs pédagogiques¶
En suivant ce cours, vous apprendrez comment appliquer les concepts et outils fondamentaux de Nextflow à un cas d'usage typique en génomique.
À la fin de cet atelier, vous serez capable de :
- Écrire un workflow linéaire pour appliquer l'appel de variants à un seul échantillon
- Gérer correctement les fichiers accessoires tels que les fichiers d'index et les ressources du génome de référence
- Exploiter le paradigme de flux de données de Nextflow pour paralléliser l'appel de variants par échantillon
- Implémenter l'appel de variants multi-échantillons en utilisant les opérateurs de canaux appropriés
- Implémenter des tests par étape et de bout en bout qui gèrent correctement les particularités spécifiques à la génomique
Prérequis¶
Le cours suppose une familiarité minimale avec les éléments suivants :
- Outils et formats de fichiers couramment utilisés dans ce domaine scientifique
- Expérience avec la ligne de commande
- Concepts et outils fondamentaux de Nextflow couverts dans la formation pour débutants Hello Nextflow
Pour les exigences techniques et la configuration de l'environnement, consultez le mini-cours Configuration de l'Environnement.