Nextflow run pour l'imagerie

Traduction assistée par IA - en savoir plus et suggérer des améliorations

Ce cours de formation s'adresse aux chercheur·euses en imagerie et biologie spatiale qui souhaitent exécuter et personnaliser des pipelines d'analyse de données. Il enseigne les concepts fondamentaux de Nextflow liés à l'exécution, à l'organisation et à la configuration de workflows en utilisant nf-core/molkart, un pipeline pour le traitement de données de transcriptomique spatiale Molecular Cartography. Les compétences que vous apprendrez ici sont transférables à n'importe quel pipeline Nextflow ou nf-core.

Commençons ! Cliquez sur le bouton « Open in GitHub Codespaces » ci-dessous pour lancer l'environnement de formation (de préférence dans un onglet séparé), puis continuez votre lecture pendant qu'il se charge.

Objectifs d'apprentissage

En suivant ce cours, vous apprendrez à appliquer les concepts et outils fondamentaux de Nextflow à l'exécution de pipelines d'analyse d'imagerie.

À la fin de cet atelier, vous serez capable de :

• Lancer un workflow Nextflow localement et surveiller son exécution
• Trouver et interpréter les sorties (résultats) et fichiers de log générés par Nextflow
• Exécuter un pipeline nf-core avec des données de test et des entrées personnalisées
• Configurer l'exécution du pipeline en utilisant des profils et des fichiers de paramètres
• Gérer les entrées en utilisant des samplesheets et des paramètres en ligne de commande

Public et prérequis

Ce cours suppose une familiarité minimale avec les éléments suivants :

• Expérience avec la ligne de commande
• Familiarité de base avec les formats de fichiers d'imagerie (images TIFF, données tabulaires)

Pour les exigences techniques et la configuration de l'environnement, consultez le mini-cours Configuration de l'environnement.