Prochaines Étapes¶
Traduction assistée par IA - en savoir plus et suggérer des améliorations
Félicitations encore pour avoir terminé la formation Nextflow For RNAseq et merci d'avoir répondu à notre enquête !
1. Top 3 des moyens d'améliorer vos compétences Nextflow¶
Voici nos trois principales recommandations pour ce qu'il faut faire ensuite, basées sur le cours que vous venez de terminer.
1.1. Appliquer Nextflow à d'autres cas d'usage d'analyse scientifique¶
Consultez la page Nextflow for Science pour une liste d'autres cours courts autonomes qui démontrent comment appliquer les concepts de base et les mécanismes présentés dans Hello Nextflow à des cas d'usage courants d'analyse scientifique.
Si vous ne voyez pas votre domaine représenté par un cas d'usage pertinent, faites-le nous savoir sur le forum de la communauté afin que nous puissions l'ajouter à notre liste de développement.
1.2. Démarrer avec nf-core¶
nf-core est un effort collaboratif mondial visant à développer des pipelines open-source standardisés pour un large éventail d'applications de recherche scientifique. Le projet comprend plus de 100 pipelines disponibles à l'utilisation immédiatement et bien plus de 1400 modules de processus qui peuvent être intégrés dans vos propres projets, ainsi qu'un ensemble riche d'outils de développement.
Le cours de formation Hello nf-core vous présentera les pipelines organisés par la communauté nf-core et le framework de développement, conçu pour vous aider à écrire des workflows reproductibles, évolutifs et standardisés. Vous apprendrez à utiliser les pipelines nf-core existants, à contribuer à leur développement, et même à commencer à construire les vôtres, soutenus par les meilleures pratiques et une communauté dynamique. Si vous êtes prêt·e à appliquer vos compétences Nextflow dans des projets concrets, c'est l'étape suivante parfaite.
1.3. Maîtriser des fonctionnalités Nextflow plus avancées¶
Dans les cours Hello, nous maintenons volontairement un niveau de complexité technique faible pour éviter de vous surcharger avec des informations dont vous n'avez pas besoin pour débuter avec Nextflow. Au fur et à mesure que vous progresserez dans votre travail, vous voudrez apprendre à utiliser l'ensemble complet des fonctionnalités et la puissance de Nextflow.
À cette fin, nous travaillons actuellement sur une collection de Side Quests, qui sont conçus pour être des cours courts autonomes approfondissant des sujets spécifiques comme les tests et la gestion des métadonnées.
2. Découvrez Seqera Platform¶
Seqera Platform est la meilleure façon d'exécuter Nextflow en pratique.
Il s'agit d'une plateforme cloud développée par les créateurs de Nextflow que vous pouvez connecter à votre propre infrastructure de calcul (qu'elle soit locale, HPC ou cloud) pour faciliter grandement le lancement et la gestion de vos workflows, ainsi que la gestion de vos données et l'exécution d'analyses de manière interactive dans un environnement cloud.
Le niveau gratuit (Free Tier) est disponible gratuitement pour tous (avec des quotas d'utilisation). Les universitaires éligibles peuvent obtenir un accès gratuit de niveau Pro (sans limitation d'utilisation) via le Programme Académique.
Consultez les tutoriels Seqera Platform pour voir si cela pourrait vous être utile.
C'est tout pour l'instant !¶
Bonne chance dans votre parcours Nextflow et n'hésitez pas à nous faire savoir sur le forum de la communauté ce que nous pourrions faire d'autre pour vous aider.