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भाग 5: Hello Containers

AI-सहायता प्राप्त अनुवाद - अधिक जानें और सुधार सुझाएं

इस training course के Parts 1-4 में, तुमने सीखा कि कुछ text process करने, multiple inputs होने पर execution parallelize करने, और further processing के लिए results collect करने में सक्षम simple workflow assemble करने के लिए Nextflow के basic building blocks कैसे use करें।

हालाँकि, तुम अपने environment में available basic UNIX tools तक limited थे। Real-world tasks को अक्सर विभिन्न tools और packages की need होती है जो default रूप से included नहीं हैं। Typically, तुम्हें इन tools को install करना होगा, उनकी dependencies manage करनी होंगी, और किसी भी conflicts को resolve करना होगा।

यह सब बहुत tedious और annoying है, इसलिए हम तुम्हें दिखाएंगे कि इस problem को बहुत अधिक conveniently solve करने के लिए containers कैसे use करें।

एक container एक lightweight, standalone, executable unit of software है जो container image से बनाई जाती है जिसमें application run करने के लिए आवश्यक सब कुछ शामिल है जिसमें code, system libraries और settings शामिल हैं। जैसा तुम imagine कर सकते हो, यह तुम्हारी pipelines को अधिक reproducible बनाने में बहुत helpful होगा।

Note करो कि हम यह Docker का उपयोग करके teach करेंगे, लेकिन ध्यान रखो कि Nextflow कई अन्य container technologies को भी support करता है।

इस section से कैसे शुरू करें

Course का यह section मानता है कि तुमने Hello Nextflow course के Parts 1-4 complete कर लिए हैं और एक complete working pipeline है।

यदि तुम इस point से course शुरू कर रहे हो, तो तुम्हें solutions से modules directory copy करनी होगी:

cp -r solutions/4-hello-modules/modules .

0. Warmup: hello-containers.nf चलाएं

हम starting point के रूप में workflow script hello-containers.nf use करेंगे।

यह sure करने के लिए कि सब कुछ काम कर रहा है, कोई भी changes करने से पहले script को एक बार run करो:

nextflow run hello-containers.nf

यदि यह तुम्हारे लिए काम किया, तो तुम containers use करना सीखने के लिए ready हो।

1. Container 'manually' use करें

हम क्या करना चाहते हैं अपने workflow में एक step add करना जो execution के लिए container use करेगा।

हालाँकि, हम पहले कुछ basic concepts और operations cover करेंगे ताकि Nextflow में use करने से पहले containers क्या हैं इसकी तुम्हारी understanding solidify हो।

1.1. Container image pull करें

Container use करने के लिए, तुम आमतौर पर container registry से container image download या pull करते हो, और फिर container instance बनाने के लिए container image run करते हो।

General syntax इस प्रकार है:

Syntax
docker pull '<container>'

एक example के रूप में, चलो एक container image pull करते हैं जिसमें cowpy है, cowsay नामक tool का python implementation जो arbitrary text inputs को fun तरीके से display करने के लिए ASCII art generate करता है।

docker pull 'community.wave.seqera.io/library/cowpy:1.1.5--3db457ae1977a273'

1.2. One-off command के रूप में cowpy run करने के लिए container use करें

docker run --rm 'community.wave.seqera.io/library/cowpy:1.1.5--3db457ae1977a273' cowpy

1.3. cowpy interactively run करने के लिए container use करें

1.3.1. Container spin up करें

docker run --rm -it 'community.wave.seqera.io/library/cowpy:1.1.5--3db457ae1977a273' /bin/bash

1.3.2. Desired tool command(s) run करें

cowpy "Hello Containers" -c tux

1.3.3. Container से exit करें

exit

1.3.4. Container में data mount करें

docker run --rm -it -v .:/my_project 'community.wave.seqera.io/library/cowpy:1.1.5--3db457ae1977a273' /bin/bash

1.3.5. Mounted data use करें

cat /my_project/data/greetings.csv | cowpy -c turkey

सीख

तुम जानते हो कि container pull करना और इसे one-off या interactively run करना। तुम यह भी जानते हो कि अपने data को अपने container के भीतर से accessible कैसे बनाना।

आगे क्या?

सीखो कि Nextflow processes के execution के लिए containers कैसे use करें।

2. Nextflow में containers use करें

Nextflow में processes को containers के अंदर run करने के लिए built-in support है।

2.1. cowpy module लिखें

modules/cowpy.nf
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#!/usr/bin/env nextflow

// cowpy के साथ ASCII art generate करें
process cowpy {

    input:
    path input_file
    val character

    output:
    path "cowpy-${input_file}"

    script:
    """
    cat ${input_file} | cowpy -c "${character}" > cowpy-${input_file}
    """

}

2.2. Workflow में cowpy add करें

2.2.1. hello-containers.nf में cowpy process import करें

hello-containers.nf
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// Modules को include करें
include { sayHello } from './modules/sayHello.nf'
include { convertToUpper } from './modules/convertToUpper.nf'
include { collectGreetings } from './modules/collectGreetings.nf'
include { cowpy } from './modules/cowpy.nf'

2.2.2. Workflow में cowpy process का call add करें

hello-containers.nf
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        collectGreetings(convertToUpper.out.collect(), params.batch)
        // cowpy के साथ अभिवादनों का ASCII art generate करें
        cowpy(collectGreetings.out.outfile, params.character)

2.3. cowpy process run करने के लिए container use करें

2.3.1. cowpy के लिए container specify करें

modules/cowpy.nf
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process cowpy {

    container 'community.wave.seqera.io/library/cowpy:1.1.5--3db457ae1977a273'

    input:

2.3.2. nextflow.config file के माध्यम से Docker use enable करें

nextflow.config
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docker.enabled = true

2.3.3. Docker enabled के साथ workflow run करें

nextflow run hello-containers.nf -resume

सीख

तुम जानते हो कि Nextflow में processes run करने के लिए containers कैसे use करें।

आगे क्या?

Break लो!

जब तुम ready हो, तो Part 6: Hello Config पर move करो यह सीखने के लिए कि अपने infrastructure fit करने के लिए अपने pipeline के execution को configure कैसे करें साथ ही inputs और parameters के configuration को manage करें।

यह बिल्कुल last part है, और फिर तुम इस course से done हो जाओगे!

Quiz

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Container क्या है?

#

Container image और container instance में क्या difference है?

#

docker run command में -v flag क्या करता है?

#

Containers use करते समय volumes mount करने की need क्यों होती है?

#

Nextflow process के लिए container कैसे specify करते हो?

#

कौन सी nextflow.config setting तुम्हारे workflow के लिए Docker enable करती है?

#

Container में process run करते समय Nextflow automatically क्या handle करता है? (सभी लागू select करें)