Hello nf-corecourse¶

कोर्स सारांश

AI-सहायता प्राप्त अनुवाद - अधिक जानें और सुधार सुझाएं

Hello nf-core, nf-core संसाधनों और सर्वोत्तम प्रथाओं का उपयोग करने के लिए एक व्यावहारिक परिचय है।

व्यावहारिक उदाहरणों और निर्देशित अभ्यासों के माध्यम से काम करते हुए, आप nf-core संगत modules और pipelines का उपयोग और विकास करना सीखेंगे, और nf-core टूलिंग का प्रभावी ढंग से उपयोग करना सीखेंगे।

आप nf-core सर्वोत्तम प्रथाओं के अनुसार pipelines विकसित करना शुरू करने के लिए कौशल और आत्मविश्वास प्राप्त करेंगे।
अतिरिक्त जानकारी

तकनीकी आवश्यकताएँ

आपको एक GitHub खाता या Nextflow का लोकल इंस्टॉलेशन चाहिए होगा। अधिक जानकारी के लिए वातावरण विकल्प देखें।
सीखने के उद्देश्य
- nf-core पाइपलाइनों को प्राप्त करना, लॉन्च करना और निष्पादन का प्रबंधन करना
- nf-core पाइपलाइनों की कोड संरचना और प्रोजेक्ट संगठन का वर्णन करना
- टेम्पलेट से एक बुनियादी nf-core संगत pipeline बनाना
- एक साधारण Nextflow workflow को nf-core मानकों के अनुरूप अपग्रेड करना
- nf-core संगत pipeline में nf-core modules जोड़ना
- nf-core में अपने स्वयं के modules का योगदान देना
- nf-core टूलिंग का उपयोग करके इनपुट और पैरामीटर को मान्य करना
लक्षित दर्शक और पूर्वापेक्षाएँ
- दर्शक: यह कोर्स उन शिक्षार्थियों के लिए डिज़ाइन किया गया है जो पहले से बुनियादी Nextflow से परिचित हैं और nf-core संसाधनों और सर्वोत्तम प्रथाओं का उपयोग करना सीखना चाहते हैं।
- कौशल: कमांड लाइन, बुनियादी स्क्रिप्टिंग अवधारणाओं और सामान्य फ़ाइल प्रारूपों से परिचितता मानी गई है।
- कोर्स: Hello Nextflow कोर्स या समकक्ष पूरा किया होना चाहिए।
- डोमेन: सभी अभ्यास डोमेन-अज्ञेयवादी हैं, इसलिए किसी पूर्व वैज्ञानिक ज्ञान की आवश्यकता नहीं है।

कोर्स अवलोकन¶

यह कोर्स व्यावहारिक होने के लिए डिज़ाइन किया गया है, जिसमें लक्ष्य-उन्मुख अभ्यास हैं जो क्रमिक रूप से जानकारी प्रस्तुत करने के लिए संरचित हैं।

आपको nf-core से परिचित कराया जाएगा, जो Nextflow का उपयोग करके निर्मित वैज्ञानिक pipelines के क्यूरेटेड सेट को विकसित और बनाए रखने के लिए एक सामुदायिक प्रयास है, साथ ही प्रासंगिक टूलिंग और दिशानिर्देश जो खुले विकास, परीक्षण और सहकर्मी समीक्षा को बढ़ावा देते हैं (Nat Biotechnol 38, 276–278 (2020), Genome Biol 26, 228 (2025))।

nf-core समुदाय द्वारा विकसित pipelines मॉड्यूलर, स्केलेबल और पोर्टेबल होने के लिए डिज़ाइन किए गए हैं, जिससे शोधकर्ता आसानी से उन्हें अपने डेटा और कंप्यूट संसाधनों का उपयोग करके अनुकूलित और निष्पादित कर सकते हैं। प्रोजेक्ट द्वारा लागू सर्वोत्तम प्रथाओं के दिशानिर्देश यह सुनिश्चित करते हैं कि pipelines मजबूत, अच्छी तरह से प्रलेखित और वास्तविक दुनिया के डेटासेट के खिलाफ मान्य हैं। यह वैज्ञानिक विश्लेषणों की विश्वसनीयता और पुनरुत्पादकता बढ़ाने में मदद करता है और अंततः शोधकर्ताओं को अपनी वैज्ञानिक खोजों को तेज करने में सक्षम बनाता है।

हम इस कोर्स में nf-core pipelines के बारे में जानने के लिए सब कुछ कवर नहीं करेंगे, क्योंकि nf-core में समुदाय द्वारा वर्षों में विकसित कई सुविधाएँ और परंपराएँ शामिल हैं। इसके बजाय, हम उन आवश्यक अवधारणाओं पर ध्यान केंद्रित करेंगे जो आपको शुरू करने और यह समझने में मदद करेंगी कि nf-core कैसे काम करता है।

पाठ योजना¶

हमने इसे पांच भागों में विभाजित किया है जो प्रत्येक nf-core संसाधनों का उपयोग करने के विशिष्ट पहलुओं पर ध्यान केंद्रित करेंगे।

कोर्स अध्याय	सारांश	अनुमानित अवधि
भाग 1: Run a demo pipeline	एक मौजूदा nf-core pipeline चलाएँ और इसकी कोड संरचना की जांच करें ताकि यह समझ सकें कि ये pipelines बुनियादी Nextflow workflows से कैसे अलग हैं	30 मिनट
भाग 2: Rewrite Hello for nf-core	एक मौजूदा workflow को nf-core टेम्पलेट स्कैफोल्ड में अनुकूलित करें, Hello Nextflow कोर्स में तैयार सरल workflow से शुरू करते हुए	60 मिनट
भाग 3: Use an nf-core module	समुदाय modules लाइब्रेरी का अन्वेषण करें और पूर्व-निर्मित, परीक्षित modules को एकीकृत करना सीखें जो सामान्य बायोइंफॉर्मेटिक्स टूल को रैप करते हैं	30 मिनट
भाग 4: Make an nf-core module	nf-core द्वारा स्थापित विशिष्ट संरचना, नामकरण परंपराओं और मेटाडेटा आवश्यकताओं का उपयोग करके अपना स्वयं का nf-core-शैली का module बनाएँ	30 मिनट
भाग 5: Add input validation	nf-schema का उपयोग करके कमांड-लाइन पैरामीटर और इनपुट डेटा फ़ाइलों दोनों के लिए इनपुट मान्यता लागू करें	30 मिनट

इस कोर्स के अंत तक, आप nf-core प्रोजेक्ट द्वारा प्रदान किए गए संसाधनों के विशाल धन का लाभ उठाने में सक्षम होंगे।

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