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एक प्रशिक्षण वातावरण शुरू करें

GitHub Codespaces पर हमारे द्वारा प्रदान किए गए पूर्व-निर्मित वातावरण का उपयोग करने के लिए, नीचे "Open in GitHub Codespaces" बटन पर क्लिक करो। अन्य विकल्पों के लिए, वातावरण विकल्प देखो।

हम अनुशंसा करते हैं कि प्रशिक्षण वातावरण को एक नए ब्राउज़र टैब या विंडो में खोलो (अपने उपकरण के आधार पर राइट-क्लिक, ctrl-क्लिक या cmd-क्लिक का उपयोग करो) ताकि वातावरण लोड होने के दौरान तुम पढ़ते रह सको। कोर्स के माध्यम से काम करने के लिए तुम्हें इन निर्देशों को समानांतर में खुला रखना होगा।

Open in GitHub Codespaces

वातावरण की मूल बातें

इस प्रशिक्षण वातावरण में प्रशिक्षण कोर्स के माध्यम से काम करने के लिए आवश्यक सभी software, कोड और डेटा शामिल है, इसलिए तुम्हें स्वयं कुछ भी इंस्टॉल करने की आवश्यकता नहीं है।

Codespace एक VSCode इंटरफ़ेस के साथ सेट अप है, जिसमें एक filesystem explorer, एक code editor और एक terminal shell शामिल है। कोर्स के दौरान दिए गए सभी निर्देश (जैसे 'फ़ाइल खोलो', 'कोड एडिट करो' या 'यह कमांड चलाओ') अन्यथा निर्दिष्ट न होने पर VSCode इंटरफ़ेस के उन तीन भागों को संदर्भित करते हैं।

यदि तुम इस कोर्स को स्वयं कर रहे हो, तो कृपया अधिक विवरण के लिए वातावरण की मूल बातें से परिचित हो जाओ।

संस्करण आवश्यकताएं

यह प्रशिक्षण Nextflow 25.10.2 या बाद के संस्करण के लिए डिज़ाइन किया गया है v2 syntax parser सक्षम के साथ। यदि तुम एक स्थानीय या कस्टम वातावरण का उपयोग कर रहे हो, तो कृपया सुनिश्चित करो कि तुम यहां documented सही सेटिंग्स का उपयोग कर रहे हो।

काम करने के लिए तैयार हो जाओ

एक बार तुम्हारा codespace चल रहा हो, तो प्रशिक्षण में गोता लगाने से पहले तुम्हें दो काम करने होंगे: इस विशिष्ट कोर्स के लिए अपनी working directory सेट करो, और प्रदान की गई सामग्री पर एक नज़र डालो।

Working directory सेट करो

डिफ़ॉल्ट रूप से, codespace work directory को सभी प्रशिक्षण कोर्सों की root पर सेट करके खुलता है, लेकिन इस कोर्स के लिए, हम nextflow-run/ डायरेक्टरी में काम करेंगे।

अब terminal में यह कमांड चलाकर डायरेक्टरी बदलो:

cd nextflow-run/

तुम VSCode को इस डायरेक्टरी पर फोकस करने के लिए सेट कर सकते हो, ताकि file explorer sidebar में केवल प्रासंगिक फ़ाइलें दिखें:

code .

सुझाव

यदि किसी भी कारण से तुम इस डायरेक्टरी से बाहर निकल जाते हो (जैसे तुम्हारा codespace स्लीप हो जाता है), तो तुम हमेशा इसमें वापस आने के लिए पूर्ण पथ का उपयोग कर सकते हो, यह मानते हुए कि तुम इसे Github Codespaces प्रशिक्षण वातावरण के भीतर चला रहे हो:

cd /workspaces/training/nextflow-run

अब आइए सामग्री पर एक नज़र डालें।

प्रदान की गई सामग्री का अन्वेषण करो

तुम प्रशिक्षण workspace के बाईं ओर file explorer का उपयोग करके इस डायरेक्टरी की सामग्री का अन्वेषण कर सकते हो। वैकल्पिक रूप से, तुम tree कमांड का उपयोग कर सकते हो।

पूरे कोर्स में, हम डायरेक्टरी संरचना और सामग्री को पठनीय रूप में प्रस्तुत करने के लिए tree के आउटपुट का उपयोग करते हैं, कभी-कभी स्पष्टता के लिए मामूली संशोधनों के साथ।

यहां हम दूसरे स्तर तक सामग्री की तालिका बनाते हैं:

tree . -L 2
डायरेक्टरी सामग्री 
.
├── 1-hello.nf
├── 2a-inputs.nf
├── 2b-multistep.nf
├── 2c-modules.nf
├── 2d-container.nf
├── 3-main.nf
├── data
│   └── greetings.csv
├── modules
│   ├── collectGreetings.nf
│   ├── convertToUpper.nf
│   ├── cowpy.nf
│   └── sayHello.nf
├── nextflow.config
├── solutions
│   ├── 3-main.nf
│   ├── modules
│   └── nextflow.config
├── test-params.json
└── test-params.yaml

सेक्शन को विस्तारित करने और इसकी सामग्री देखने के लिए रंगीन बॉक्स पर क्लिक करो। हम अपेक्षित कमांड आउटपुट के साथ-साथ डायरेक्टरी और फ़ाइल सामग्री को संक्षिप्त तरीके से प्रदर्शित करने के लिए इस तरह के collapsible sections का उपयोग करते हैं।

  • .nf फ़ाइलें workflow scripts हैं जो कोर्स के किस भाग में उपयोग की जाती हैं उसके आधार पर क्रमांकित हैं।

  • nextflow.config फ़ाइल एक configuration फ़ाइल है जो न्यूनतम वातावरण गुण सेट करती है। तुम अभी के लिए इसे अनदेखा कर सकते हो।

  • data/ के अंतर्गत greetings.csv फ़ाइल में इनपुट डेटा है जिसका उपयोग हम कोर्स के अधिकांश भाग में करेंगे। इसका वर्णन भाग 2 (Run pipelines) में किया गया है, जब हम इसे पहली बार पेश करते हैं।

  • test-params.* फ़ाइलें configuration फ़ाइलें हैं जिनका उपयोग हम भाग 3 (Configuration) में करेंगे। तुम अभी के लिए उन्हें अनदेखा कर सकते हो।

  • solutions डायरेक्टरी में workflow और इसकी सहायक फ़ाइलों (config और modules) की अंतिम स्थिति है जो कोर्स पूरा करने के परिणामस्वरूप बनती है। ये तुम्हारे काम की जांच करने और किसी भी समस्या का निवारण करने के लिए एक संदर्भ के रूप में उपयोग किए जाने के लिए हैं।

तैयारी चेकलिस्ट

क्या तुम सोचते हो कि तुम गोता लगाने के लिए तैयार हो?

  • मैं इस कोर्स के लक्ष्य और इसकी पूर्वापेक्षाओं को समझता/समझती हूं
  • मेरा वातावरण चालू और चल रहा है
  • मैंने अपनी working directory उचित रूप से सेट कर ली है

यदि तुम सभी बॉक्स चेक कर सकते हो, तो तुम जाने के लिए तैयार हो।

भाग 1: बुनियादी संचालन चलाएं पर जारी रखने के लिए, इस पृष्ठ के निचले दाएं कोने में तीर पर क्लिक करो।