अभिविन्यास¶
AI-सहायता प्राप्त अनुवाद - अधिक जानें और सुधार सुझाएं
प्रशिक्षण वातावरण में सभी सॉफ़्टवेयर, कोड और डेटा मौजूद हैं जो इस प्रशिक्षण पाठ्यक्रम को पूरा करने के लिए आवश्यक हैं, इसलिए आपको स्वयं कुछ भी इंस्टॉल करने की आवश्यकता नहीं है। हालांकि, लॉग इन करने के लिए आपको एक (मुफ़्त) अकाउंट की आवश्यकता होगी, और आपको इंटरफ़ेस से परिचित होने के लिए कुछ मिनट देने चाहिए।
यदि आपने अभी तक ऐसा नहीं किया है, तो कृपया आगे बढ़ने से पहले इस लिंक पर जाएँ।
उपलब्ध सामग्री¶
इस प्रशिक्षण पाठ्यक्रम के दौरान, हम nf4-science/genomics/ डायरेक्टरी में काम करेंगे, जिसमें आपको प्रशिक्षण workspace खोलने पर जाना होगा।
इस डायरेक्टरी में वे सभी कोड फ़ाइलें, परीक्षण डेटा और सहायक फ़ाइलें हैं जिनकी आपको आवश्यकता होगी।
इस डायरेक्टरी की सामग्री को देखने के लिए स्वतंत्र महसूस करें; ऐसा करने का सबसे आसान तरीका VSCode इंटरफ़ेस में प्रशिक्षण workspace के बाईं ओर file explorer का उपयोग करना है।
वैकल्पिक रूप से, आप tree कमांड का उपयोग कर सकते हैं।
पूरे पाठ्यक्रम में, हम डायरेक्टरी संरचना और सामग्री को पठनीय रूप में प्रस्तुत करने के लिए tree के आउटपुट का उपयोग करते हैं, कभी-कभी स्पष्टता के लिए मामूली संशोधनों के साथ।
यहाँ हम दूसरे स्तर तक सामग्री की तालिका बनाते हैं:
यदि आप इसे nf4-science/genomics के अंदर चलाते हैं, तो आपको निम्नलिखित आउटपुट दिखाई देना चाहिए:
.
├── data
│ ├── bam
│ ├── ref
│ ├── sample_bams.txt
│ └── samplesheet.csv
├── genomics-1.nf
├── genomics-2.nf
├── genomics-3.nf
├── genomics-4.nf
├── nextflow.config
└── solutions
├── modules
├── nf-test.config
└── tests
6 directories, 8 files
नोट
चिंता न करें यदि यह बहुत अधिक लगता है; हम पाठ्यक्रम के प्रत्येक चरण में प्रासंगिक भागों पर विचार करेंगे। यह केवल आपको एक सामान्य अवलोकन देने के लिए है।
यहाँ एक सारांश है कि शुरू करने के लिए आपको क्या जानना चाहिए:
-
.nfफ़ाइलें workflow scripts हैं जिनका नाम इस आधार पर रखा गया है कि वे पाठ्यक्रम के किस भाग में उपयोग की जाती हैं। -
फ़ाइल
nextflow.configएक configuration फ़ाइल है जो न्यूनतम वातावरण गुणों को सेट करती है। आप अभी इसे अनदेखा कर सकते हैं। -
dataडायरेक्टरी में इनपुट डेटा और संबंधित संसाधन हैं, जिनका वर्णन पाठ्यक्रम में बाद में किया गया है। -
solutionsडायरेक्टरी में module फ़ाइलें और test configurations हैं जो पाठ्यक्रम के भाग 3 और 4 से परिणामित होती हैं। इनका उद्देश्य आपके काम की जाँच करने और किसी भी समस्या का निवारण करने के लिए संदर्भ के रूप में उपयोग किया जाना है।
सुझाव
यदि किसी कारण से आप इस डायरेक्टरी से बाहर चले जाते हैं, तो आप हमेशा इसमें वापस आने के लिए यह कमांड चला सकते हैं:
अब, पाठ्यक्रम शुरू करने के लिए, इस पृष्ठ के निचले दाएँ कोने में तीर पर क्लिक करें।