विकास वातावरण¶

AI-सहायता प्राप्त अनुवाद - अधिक जानें और सुधार सुझाएं

आधुनिक इंटीग्रेटेड डेवलपमेंट एनवायरनमेंट (IDE) आपके Nextflow विकास अनुभव को पूरी तरह बदल सकते हैं। यह साइड क्वेस्ट विशेष रूप से VS Code और उसकी Nextflow एक्सटेंशन का उपयोग करके तेज़ी से कोड लिखने, गलतियों को जल्दी पकड़ने और जटिल workflows को कुशलता से नेविगेट करने पर केंद्रित है।

यह एक पारंपरिक ट्यूटोरियल नहीं है

अन्य प्रशिक्षण मॉड्यूल के विपरीत, यह गाइड स्टेप-बाय-स्टेप ट्यूटोरियल के बजाय त्वरित संकेतों, सुझावों और व्यावहारिक उदाहरणों के संग्रह के रूप में व्यवस्थित है। प्रत्येक अनुभाग को आपकी रुचियों और वर्तमान विकास आवश्यकताओं के आधार पर स्वतंत्र रूप से खोजा जा सकता है। बेझिझक इधर-उधर जाएं और उन सुविधाओं पर ध्यान केंद्रित करें जो आपके workflow विकास के लिए सबसे तुरंत उपयोगी होंगी।

पहले आपको क्या जानना चाहिए¶

यह गाइड मानती है कि आपने Hello Nextflow प्रशिक्षण कोर्स पूरा कर लिया है और आप बुनियादी Nextflow अवधारणाओं के साथ सहज हैं, जिनमें शामिल हैं:

बुनियादी workflow संरचना: processes, workflows को समझना और वे एक साथ कैसे जुड़ते हैं
Channel ऑपरेशन: channels बनाना, processes के बीच डेटा पास करना और बुनियादी ऑपरेटर का उपयोग करना
Modules और संगठन: पुन: उपयोग योग्य modules बनाना और include स्टेटमेंट का उपयोग करना
Configuration मूल बातें: पैरामीटर, process निर्देशों और profiles के लिए nextflow.config का उपयोग करना

आप यहां क्या सीखेंगे¶

यह गाइड IDE उत्पादकता सुविधाओं पर केंद्रित है जो आपको एक अधिक कुशल Nextflow डेवलपर बनाएंगी:

उन्नत syntax highlighting: समझना कि VS Code आपके कोड संरचना के बारे में आपको क्या दिखा रहा है
बुद्धिमान auto-completion: तेज़ कोड लिखने के लिए context-aware सुझावों का लाभ उठाना
त्रुटि पहचान और diagnostics: अपने workflow को चलाने से पहले syntax त्रुटियों को पकड़ना
कोड नेविगेशन: processes, modules और परिभाषाओं के बीच तेज़ी से जाना
फ़ॉर्मेटिंग और संगठन: सुसंगत, पठनीय कोड शैली बनाए रखना
AI-सहायता प्राप्त विकास (वैकल्पिक): अपने IDE के साथ एकीकृत आधुनिक AI टूल का उपयोग करना

अब IDE सुविधाएं क्यों?

आप संभवतः पहले से ही Hello Nextflow कोर्स के दौरान VS Code का उपयोग कर रहे हैं, लेकिन हमने IDE सुविधाओं के बजाय Nextflow बुनियादी बातों को सीखने पर ध्यान केंद्रित रखा। अब जब आप processes, workflows, channels और modules जैसी बुनियादी Nextflow अवधारणाओं के साथ सहज हैं, तो आप परिष्कृत IDE सुविधाओं का लाभ उठाने के लिए तैयार हैं जो आपको एक अधिक कुशल डेवलपर बनाएंगी।

इसे अपने विकास वातावरण को "लेवल अप" करने के रूप में सोचें - जिस एडिटर का आप उपयोग कर रहे हैं उसमें बहुत अधिक शक्तिशाली क्षमताएं हैं जो वास्तव में मूल्यवान हो जाती हैं जब आप समझते हैं कि वे आपकी मदद किस चीज़ में कर रही हैं।

0. सेटअप और वार्मअप¶

चलिए IDE सुविधाओं की खोज के लिए विशेष रूप से एक workspace सेट अप करते हैं:

IDE सुविधाओं की डायरेक्टरी में जाएं

cd side-quests/ide_features

इस डायरेक्टरी को VS Code में खोलें:

वर्तमान डायरेक्टरी में VS Code खोलें

code .

ide_features डायरेक्टरी में उदाहरण workflows हैं जो विभिन्न IDE सुविधाओं को प्रदर्शित करते हैं:

डायरेक्टरी संरचना दिखाएं

tree .

प्रोजेक्ट संरचना

tree .
.
├── basic_workflow.nf
├── complex_workflow.nf
├── data
│   ├── sample_001.fastq.gz
│   ├── sample_002.fastq.gz
│   ├── sample_003.fastq.gz
│   ├── sample_004.fastq.gz
│   ├── sample_005.fastq.gz
│   └── sample_data.csv
├── modules
│   ├── fastqc.nf
│   ├── star.nf
│   └── utils.nf
└── nextflow.config

3 directories, 12 files

उदाहरण फ़ाइलों के बारे में

basic_workflow.nf एक कार्यशील बुनियादी workflow है जिसे आप चला सकते हैं और संशोधित कर सकते हैं
complex_workflow.nf केवल नेविगेशन सुविधाओं को प्रदर्शित करने के लिए चित्रण के लिए डिज़ाइन किया गया है - यह सफलतापूर्वक नहीं चल सकता है लेकिन यथार्थवादी मल्टी-फ़ाइल workflow संरचना दिखाता है

कीबोर्ड शॉर्टकट¶

इस गाइड में कुछ सुविधाएं वैकल्पिक कीबोर्ड शॉर्टकट का उपयोग करेंगी। हो सकता है कि आप ब्राउज़र में GitHub Codespaces के माध्यम से इस सामग्री तक पहुंच रहे हों, और इस मामले में कभी-कभी शॉर्टकट अपेक्षित रूप से काम नहीं करेंगे क्योंकि वे आपके सिस्टम में अन्य चीज़ों के लिए उपयोग किए जाते हैं।

यदि आप VS Code को लोकल रूप से चला रहे हैं, जैसा कि आप शायद करेंगे जब आप वास्तव में workflows लिख रहे होंगे, तो शॉर्टकट वर्णित रूप में काम करेंगे।

यदि आप Mac का उपयोग कर रहे हैं, तो कुछ (सभी नहीं) कीबोर्ड शॉर्टकट "ctrl" के बजाय "cmd" का उपयोग करेंगे, और हम इसे टेक्स्ट में Ctrl/Cmd की तरह इंगित करेंगे।

0.1. Nextflow Extension इंस्टॉल करना¶

पहले से Devcontainers का उपयोग कर रहे हैं?

यदि आप GitHub Codespaces में काम कर रहे हैं या लोकल devcontainer का उपयोग कर रहे हैं, तो Nextflow extension संभवतः पहले से ही आपके लिए इंस्टॉल और कॉन्फ़िगर किया गया है। आप नीचे दिए गए मैनुअल इंस्टॉलेशन स्टेप्स को छोड़ सकते हैं और सीधे extension सुविधाओं की खोज के लिए आगे बढ़ सकते हैं।

extension को मैनुअल रूप से इंस्टॉल करने के लिए:

VS Code खोलें
बाईं ओर extensions आइकन पर क्लिक करके Extensions व्यू पर जाएं: (यदि आप VSCode को लोकल रूप से चला रहे हैं तो शॉर्टकट Ctrl/Cmd+Shift+X)
"Nextflow" खोजें
आधिकारिक Nextflow extension इंस्टॉल करें

Nextflow Extension इंस्टॉल करें

0.2. Workspace लेआउट¶

चूंकि आप Hello Nextflow के दौरान VS Code का उपयोग कर रहे हैं, इसलिए आप पहले से ही बुनियादी बातों से परिचित हैं। इस सत्र के लिए अपने workspace को कुशलता से व्यवस्थित करने का तरीका यहां दिया गया है:

Editor Area: फ़ाइलों को देखने और संपादित करने के लिए। आप फ़ाइलों की साथ-साथ तुलना करने के लिए इसे कई panes में विभाजित कर सकते हैं।
File Explorer क्लिक करें () (Ctrl/Cmd+Shift+E): आपके सिस्टम पर लोकल फ़ाइलें और फ़ोल्डर। फ़ाइलों के बीच नेविगेट करने के लिए इसे बाईं ओर खुला रखें
Integrated Terminal (Windows और MacOS दोनों के लिए Ctrl+Shift+ backtick): नीचे कंप्यूटर के साथ इंटरैक्ट करने के लिए एक टर्मिनल। Nextflow या अन्य कमांड चलाने के लिए इसका उपयोग करें।
Problems Panel (Ctrl+Shift+M): VS Code यहां किसी भी त्रुटि और समस्या को दिखाएगा जिसे वह पहचानता है। यह एक नज़र में मुद्दों को हाइलाइट करने के लिए उपयोगी है।

आप अपने लेआउट को कस्टमाइज़ करने के लिए panels को इधर-उधर खींच सकते हैं या उन्हें छिपा सकते हैं (Ctrl/Cmd+B साइडबार को टॉगल करने के लिए) जैसे हम उदाहरणों के माध्यम से काम करते हैं।

निष्कर्ष¶

आपके पास Nextflow extension के साथ VS Code सेट अप है और आप कुशल विकास के लिए workspace लेआउट को समझते हैं।

आगे क्या है?¶

जानें कि syntax highlighting आपको एक नज़र में Nextflow कोड संरचना को समझने में कैसे मदद करती है।

1. Syntax Highlighting और कोड संरचना¶

अब जब आपका workspace सेट अप हो गया है, तो आइए जानें कि VS Code की syntax highlighting आपको Nextflow कोड को अधिक प्रभावी ढंग से पढ़ने और लिखने में कैसे मदद करती है।

1.1. Nextflow Syntax तत्व¶

basic_workflow.nf खोलें और syntax highlighting को क्रियान्वित होते देखें:

Syntax Showcase

ध्यान दें कि VS Code कैसे हाइलाइट करता है:

Keywords (process, workflow, input, output, script) विशिष्ट रंगों में
String literals और पैरामीटर विभिन्न स्टाइलिंग के साथ
Comments एक मौन रंग में
Variables और function calls उपयुक्त जोर के साथ
Code blocks उचित indentation guides के साथ

थीम-आश्रित रंग

आप जो विशिष्ट रंग देखते हैं वे आपकी VS Code थीम (dark/light मोड), रंग सेटिंग्स और आपके द्वारा किए गए किसी भी कस्टमाइज़ेशन पर निर्भर करेंगे। महत्वपूर्ण बात यह है कि विभिन्न syntax तत्व एक दूसरे से दृश्य रूप से अलग हैं, जिससे आपकी चुनी हुई रंग योजना की परवाह किए बिना कोड संरचना को समझना आसान हो जाता है।

1.2. कोड संरचना को समझना¶

syntax highlighting आपको जल्दी से पहचानने में मदद करती है:

Process सीमाएं: विभिन्न processes के बीच स्पष्ट अंतर
Input/output ब्लॉक: डेटा प्रवाह परिभाषाओं को आसानी से पहचानना
Script ब्लॉक: वास्तविक कमांड जो निष्पादित की जा रही हैं
Channel ऑपरेशन: डेटा परिवर्तन चरण
Configuration निर्देश: Process-विशिष्ट सेटिंग्स

यह दृश्य संगठन कई processes और जटिल डेटा प्रवाह वाले जटिल workflows के साथ काम करते समय अमूल्य हो जाता है।

निष्कर्ष¶

आप समझते हैं कि VS Code की syntax highlighting आपको Nextflow कोड संरचना पढ़ने और तेज़ विकास के लिए विभिन्न भाषा तत्वों की पहचान करने में कैसे मदद करती है।

आगे क्या है?¶

जानें कि बुद्धिमान auto-completion context-aware सुझावों के साथ कोड लिखने को कैसे तेज़ करता है।

2. बुद्धिमान Auto-completion¶

VS Code की auto-completion सुविधाएं आपको संदर्भ के आधार पर उपयुक्त विकल्पों का सुझाव देकर तेज़ और कम त्रुटियों के साथ कोड लिखने में मदद करती हैं।

2.1. Context-Aware सुझाव¶

auto-completion विकल्प आपके कोड में आपके स्थान के आधार पर भिन्न होते हैं:

Channel ऑपरेशन¶

फिर से basic_workflow.nf खोलें और workflow ब्लॉक में channel. टाइप करने का प्रयास करें:

Channel auto-completion

आपको इनके लिए सुझाव दिखाई देंगे:

fromPath() - फ़ाइल पथों से channel बनाएं
fromFilePairs() - युग्मित फ़ाइलों से channel बनाएं
of() - मानों से channel बनाएं
fromSRA() - SRA accessions से channel बनाएं
और बहुत कुछ...

यह आपको सटीक मेथड नाम याद रखने की आवश्यकता के बिना उपयोग करने के लिए सही channel factory को जल्दी से खोजने में मदद करता है।

आप channels पर लागू करने के लिए उपलब्ध ऑपरेटर भी खोज सकते हैं। उदाहरण के लिए, उपलब्ध ऑपरेशन देखने के लिए FASTQC.out.html. टाइप करें:

Channel ऑपरेशन auto-completion

Process निर्देश¶

process script ब्लॉक के अंदर, उपलब्ध runtime properties देखने के लिए task. टाइप करें:

Task properties auto-completion

Configuration¶

nextflow.config खोलें और उपलब्ध process निर्देश देखने के लिए कहीं भी process. टाइप करें:

Config auto-completion

आपको इनके लिए सुझाव दिखाई देंगे:

executor
memory
cpus

यह processes को कॉन्फ़िगर करते समय समय बचाता है और विभिन्न configuration scopes में काम करता है। उदाहरण के लिए, Docker-विशिष्ट configuration विकल्प देखने के लिए docker. टाइप करने का प्रयास करें।

निष्कर्ष¶

आप syntax को याद किए बिना उपलब्ध channel ऑपरेशन, process निर्देशों और configuration विकल्पों को खोजने के लिए VS Code की बुद्धिमान auto-completion का उपयोग कर सकते हैं।

आगे क्या है?¶

जानें कि real-time त्रुटि पहचान आपको अपने workflow को चलाने से पहले मुद्दों को पकड़ने में कैसे मदद करती है, बस कोड पढ़कर।

3. त्रुटि पहचान और Diagnostics¶

VS Code की real-time त्रुटि पहचान आपको अपने workflow को चलाने से पहले मुद्दों को पकड़ने में मदद करती है।

3.1. Syntax त्रुटि पहचान¶

चलिए पहचान को क्रियान्वित होते देखने के लिए एक जानबूझकर त्रुटि बनाते हैं। basic_workflow.nf खोलें और process नाम को FASTQC से FASTQ (या किसी अन्य अमान्य नाम) में बदलें। VS Code तुरंत workflow ब्लॉक में लाल squiggly underline के साथ त्रुटि को हाइलाइट करेगा:

Error underline

3.2. Problems Panel¶

व्यक्तिगत त्रुटि हाइलाइटिंग से परे, VS Code एक केंद्रीकृत Problems panel प्रदान करता है जो आपके workspace में सभी त्रुटियों, चेतावनियों और info संदेशों को एकत्रित करता है। इसे Ctrl/Cmd+Shift+M के साथ खोलें और वर्तमान फ़ाइल के लिए प्रासंगिक केवल त्रुटियां दिखाने के लिए filter आइकन का उपयोग करें:

Problems panel फ़िल्टर करें

समस्याग्रस्त लाइन पर सीधे जाने के लिए किसी भी मुद्दे पर क्लिक करें

Problems Panel

process नाम को वापस FASTQC में बदलकर त्रुटि को ठीक करें।

3.3. सामान्य त्रुटि पैटर्न¶

Nextflow syntax में सामान्य त्रुटियों में शामिल हैं:

गुम ब्रैकेट: बेमेल { या }
अधूरे ब्लॉक: processes में आवश्यक अनुभागों का गुम होना
अमान्य syntax: विकृत Nextflow DSL
Keywords में टाइपो: गलत वर्तनी वाले process निर्देश
Channel बेमेल: प्रकार असंगतताएं

Nextflow language server इन मुद्दों को Problems panel में हाइलाइट करता है। आप pipeline चलाते समय syntax त्रुटियों से बचने के लिए इन्हें जल्दी जांच सकते हैं।

निष्कर्ष¶

आप अपने workflow को चलाने से पहले syntax त्रुटियों और मुद्दों को पकड़ने के लिए VS Code की त्रुटि पहचान और Problems panel का उपयोग कर सकते हैं, जिससे समय बचता है और निराशा रोकी जा सकती है।

आगे क्या है?¶

जानें कि जटिल workflows में processes, modules और परिभाषाओं के बीच कुशलता से कैसे नेविगेट करें।

4. कोड नेविगेशन और Symbol प्रबंधन¶

कई फ़ाइलों में फैले जटिल workflows के साथ काम करते समय कुशल नेविगेशन महत्वपूर्ण है। इसे समझने के लिए, basic_workflow.nf में process परिभाषा को हमारे द्वारा आपको प्रदान किए गए मॉड्यूल के लिए import से बदलें:

बाद मेंपहले

basic_workflow.nf
include { FASTQC } from './modules/fastqc.nf'

basic_workflow.nf
process FASTQC {
    tag "${sample_id}"
    publishDir "${params.output_dir}/fastqc", mode: 'copy'

    input:
    tuple val(sample_id), path(reads)

    output:
    tuple val(sample_id), path("*.html"), emit: html
    tuple val(sample_id), path("*.zip"), emit: zip

    script:
    def args = task.ext.args ?: ''
    """
    fastqc \\
        ${args} \\
        --threads ${task.cpus} \\
        ${reads}
    """
}

4.1. परिभाषा पर जाएं¶

यदि आप FASTQC जैसे process नाम पर माउस घुमाते हैं, तो आपको मॉड्यूल इंटरफ़ेस (inputs और outputs) के साथ एक popup दिखाई देगा:

परिभाषा पर जाएं

यह सुविधा workflows लिखते समय विशेष रूप से मूल्यवान है, क्योंकि यह आपको सीधे मॉड्यूल फ़ाइल खोले बिना मॉड्यूल इंटरफ़ेस को समझने की अनुमति देती है।

आप Ctrl/Cmd-click का उपयोग करके किसी भी process, मॉड्यूल या variable परिभाषा पर जल्दी से नेविगेट कर सकते हैं। script के शीर्ष पर मॉड्यूल फ़ाइल के लिंक पर माउस घुमाएं, और सुझाए अनुसार लिंक का अनुसरण करें:

लिंक का अनुसरण करें

यही बात process नामों के लिए भी काम करती है। basic_workflow.nf पर वापस जाएं और workflow ब्लॉक में FASTQC process नाम पर इसे आज़माएं। यह आपको सीधे process नाम से जोड़ता है (जो इस उदाहरण में मॉड्यूल फ़ाइल के समान है, लेकिन बहुत बड़ी फ़ाइल के आधे रास्ते में हो सकता है)।

वापस जाने के लिए जहां आप थे, Alt+← (या Mac पर Ctrl+-) का उपयोग करें। यह अपनी जगह खोए बिना कोड का पता लगाने का एक शक्तिशाली तरीका है।

अब आइए complex_workflow.nf (पहले उल्लिखित केवल चित्रण के लिए फ़ाइल) का उपयोग करके अधिक जटिल workflow में नेविगेशन का पता लगाएं। इस workflow में अलग मॉड्यूल फ़ाइलों में परिभाषित कई processes के साथ-साथ कुछ inline processes भी हैं। जबकि जटिल मल्टी-फ़ाइल संरचनाओं को मैनुअल रूप से नेविगेट करना चुनौतीपूर्ण हो सकता है, परिभाषाओं पर जाने की क्षमता अन्वेषण को बहुत अधिक प्रबंधनीय बनाती है।

complex_workflow.nf खोलें
मॉड्यूल परिभाषाओं पर नेविगेट करें
वापस नेविगेट करने के लिए Alt+← (या Ctrl+-) का उपयोग करें
workflow ब्लॉक में FASTQC process नाम पर नेविगेट करें। यह आपको सीधे process नाम से जोड़ता है (जो इस उदाहरण में मॉड्यूल फ़ाइल के समान है, लेकिन बहुत बड़ी फ़ाइल के आधे रास्ते में हो सकता है)।
फिर से वापस नेविगेट करें
workflow ब्लॉक में TRIM_GALORE process पर नेविगेट करें। यह inline परिभाषित है, इसलिए यह आपको अलग फ़ाइल में नहीं ले जाएगा, लेकिन यह अभी भी आपको process परिभाषा दिखाएगा, और आप अभी भी वापस नेविगेट कर सकते हैं जहां आप थे।

4.2. Symbol नेविगेशन¶

complex_workflow.nf अभी भी खुला होने के साथ, आप VSCode के शीर्ष पर सर्च बार में @ टाइप करके फ़ाइल में सभी symbols का अवलोकन प्राप्त कर सकते हैं (कीबोर्ड शॉर्टकट Ctrl/Cmd+Shift+O है, लेकिन Codespaces में काम नहीं कर सकता है)। यह symbol नेविगेशन panel खोलता है, जो वर्तमान फ़ाइल में सभी symbols को सूचीबद्ध करता है:

Symbol नेविगेशन

यह दिखाता है:

सभी process परिभाषाएं
Workflow परिभाषाएं (इस फ़ाइल में दो workflows परिभाषित हैं)
Function परिभाषाएं

परिणामों को फ़िल्टर करने के लिए टाइप करना शुरू करें।

4.3. सभी संदर्भ खोजें¶

समझना कि आपके codebase में एक process या variable का उपयोग कहाँ किया जाता है, बहुत सहायक हो सकता है। उदाहरण के लिए, यदि आप FASTQC process के सभी संदर्भों को खोजना चाहते हैं, तो इसकी परिभाषा पर नेविगेट करके शुरू करें। आप सीधे modules/fastqc.nf खोलकर, या जैसा हमने ऊपर किया था Ctrl/Cmd-click के साथ VS Code की त्वरित नेविगेशन सुविधा का उपयोग करके ऐसा कर सकते हैं। process परिभाषा पर पहुंचने के बाद, FASTQC process नाम पर राइट-क्लिक करें और संदर्भ मेनू से "Find All References" चुनें ताकि सभी उदाहरण देखे जा सकें जहां इसका उपयोग किया गया है।

संदर्भ खोजें

यह सुविधा सभी उदाहरणों को प्रदर्शित करती है जहां आपके workspace के भीतर FASTQC का संदर्भ दिया गया है, जिसमें दो अलग-अलग workflows में इसका उपयोग शामिल है। यह अंतर्दृष्टि FASTQC process में संशोधनों के संभावित प्रभाव का आकलन करने के लिए महत्वपूर्ण है।

4.4. Outline Panel¶

Outline panel, Explorer साइडबार में स्थित ( Explorer आइकन पर क्लिक करें), आपकी वर्तमान फ़ाइल में सभी symbols का एक सुविधाजनक अवलोकन प्रदान करता है। यह सुविधा आपको functions, variables और अन्य प्रमुख तत्वों को पदानुक्रमित दृश्य में प्रदर्शित करके अपने कोड की संरचना को जल्दी से नेविगेट करने और प्रबंधित करने की अनुमति देती है।

Outline panel

फ़ाइल ब्राउज़र का उपयोग किए बिना अपने कोड के विभिन्न भागों में तेज़ी से नेविगेट करने के लिए Outline panel का उपयोग करें।

4.5. DAG दृश्यीकरण¶

VS Code की Nextflow extension आपके workflow को Directed Acyclic Graph (DAG) के रूप में दृश्यमान कर सकती है। यह आपको processes के बीच डेटा प्रवाह और निर्भरता को समझने में मदद करता है। complex_workflow.nf खोलें और workflow { के ऊपर "Preview DAG" बटन पर क्लिक करें (इस फ़ाइल में दूसरा workflow ब्लॉक):

DAG preview

यह सिर्फ 'entry' workflow है, लेकिन आप आगे workflow RNASEQ_PIPELINE { के ऊपर "Preview DAG" बटन पर क्लिक करके भीतरी workflows के लिए भी DAG का preview कर सकते हैं:

DAG preview भीतरी workflow

इस workflow के लिए, आप कोड में संबंधित process परिभाषाओं पर नेविगेट करने के लिए DAG में nodes का उपयोग कर सकते हैं। किसी node पर क्लिक करें, और यह आपको editor में प्रासंगिक process परिभाषा पर ले जाएगा। विशेष रूप से जब एक workflow बड़े आकार में बढ़ता है, तो यह वास्तव में आपको कोड में नेविगेट करने और यह समझने में मदद कर सकता है कि processes कैसे जुड़ी हुई हैं।

निष्कर्ष¶

आप कोड संरचना और निर्भरता को समझने के लिए go-to-definition, symbol खोज, संदर्भ खोजें और DAG दृश्यीकरण का उपयोग करके जटिल workflows को कुशलता से नेविगेट कर सकते हैं।

आगे क्या है?¶

जानें कि बड़े Nextflow प्रोजेक्ट्स में कई परस्पर जुड़ी फ़ाइलों में प्रभावी ढंग से कैसे काम करें।

5. कई फ़ाइलों में काम करना¶

वास्तविक Nextflow विकास में कई परस्पर जुड़ी फ़ाइलों के साथ काम करना शामिल है। आइए जानें कि VS Code आपको जटिल प्रोजेक्ट्स को कुशलता से प्रबंधित करने में कैसे मदद करता है।

5.1. त्वरित फ़ाइल नेविगेशन¶

complex_workflow.nf खुला होने के साथ, आप देखेंगे कि यह कई modules को import करता है। आइए उनके बीच त्वरित नेविगेशन का अभ्यास करें।

Ctrl+P (या Cmd+P) दबाएं और "fast" टाइप करना शुरू करें:

VS Code आपको मेल खाने वाली फ़ाइलें दिखाएगा। तुरंत वहां जाने के लिए modules/fastqc.nf का चयन करें। जब आप मोटे तौर पर जानते हैं कि आप किस फ़ाइल की तलाश कर रहे हैं तो यह file explorer के माध्यम से क्लिक करने की तुलना में बहुत तेज़ है।

अन्य पैटर्न के साथ इसे आज़माएं:

STAR alignment मॉड्यूल फ़ाइल (star.nf) खोजने के लिए "star" टाइप करें
utility functions फ़ाइल (utils.nf) खोजने के लिए "utils" टाइप करें
configuration फ़ाइलों (nextflow.config) पर जाने के लिए "config" टाइप करें

5.2. मल्टी-फ़ाइल विकास के लिए Split Editor¶

modules के साथ काम करते समय, आपको अक्सर मुख्य workflow और मॉड्यूल परिभाषाओं दोनों को एक साथ देखने की आवश्यकता होती है। चलिए इसे सेट अप करते हैं:

complex_workflow.nf खोलें
नए टैब में modules/fastqc.nf खोलें
modules/fastqc.nf टैब पर राइट-क्लिक करें और "Split Right" चुनें
अब आप दोनों फ़ाइलों को साथ-साथ देख सकते हैं

Split editor

यह अमूल्य है जब:

workflow calls लिखते समय मॉड्यूल इंटरफ़ेस की जांच कर रहे हों, और preview पर्याप्त नहीं है
विभिन्न modules में समान processes की तुलना कर रहे हों
workflow और modules के बीच डेटा प्रवाह को डीबग कर रहे हों

5.3. प्रोजेक्ट-व्यापी खोज¶

कभी-कभी आपको यह खोजने की आवश्यकता होती है कि आपके पूरे प्रोजेक्ट में विशिष्ट पैटर्न का उपयोग कहाँ किया जाता है। खोज panel खोलने के लिए Ctrl/Cmd+Shift+F दबाएं।

workspace में publishDir खोजने का प्रयास करें:

प्रोजेक्ट खोज

यह आपको प्रत्येक फ़ाइल दिखाता है जो publish directories का उपयोग करती है, जिससे आपको मदद मिलती है:

आउटपुट संगठन पैटर्न को समझना
विशिष्ट निर्देशों के उदाहरण खोजना
modules में निरंतरता सुनिश्चित करना

निष्कर्ष¶

आप workflows और modules में कुशलता से काम करने के लिए त्वरित फ़ाइल नेविगेशन, split editors और प्रोजेक्ट-व्यापी खोज का उपयोग करके जटिल मल्टी-फ़ाइल प्रोजेक्ट्स का प्रबंधन कर सकते हैं।

आगे क्या है?¶

जानें कि कोड फ़ॉर्मेटिंग और रखरखाव सुविधाएं आपके workflows को व्यवस्थित और पठनीय कैसे रखती हैं।

6. कोड फ़ॉर्मेटिंग और रखरखाव¶

उचित कोड फ़ॉर्मेटिंग न केवल सौंदर्यशास्त्र के लिए बल्कि पठनीयता, समझ और जटिल workflows को अपडेट करने में आसानी बढ़ाने के लिए भी आवश्यक है।

6.1. क्रियान्वित होती Automatic फ़ॉर्मेटिंग¶

basic_workflow.nf खोलें और जानबूझकर फ़ॉर्मेटिंग को गड़बड़ा दें:

कुछ indentation हटाएं: पूरे दस्तावेज़ को हाइलाइट करें और जितना संभव हो उतने indentations हटाने के लिए shift+tab कई बार दबाएं।
यादृच्छिक स्थानों में अतिरिक्त स्थान जोड़ें: channel.fromPath स्टेटमेंट में, ( के बाद 30 स्थान जोड़ें।
कुछ लाइनों को अजीब तरह से तोड़ें: .view { ऑपरेटर और Processing sample: string के बीच एक नई लाइन जोड़ें लेकिन closing parenthesis } से पहले संबंधित newline न जोड़ें।

अब auto-format करने के लिए Shift+Alt+F (या MacOS पर Shift+Option+F) दबाएं:

VS Code तुरंत:

process संरचना को स्पष्ट रूप से दिखाने के लिए indentation को ठीक करता है
समान तत्वों को लगातार संरेखित करता है
अनावश्यक whitespace को हटाता है
पठनीय line breaks बनाए रखता है

ध्यान दें कि automatic फ़ॉर्मेटिंग प्रत्येक कोड शैली समस्या को हल नहीं कर सकती है। Nextflow language server आपके कोड को साफ-सुथरा रखने का लक्ष्य रखता है, लेकिन यह कुछ क्षेत्रों में आपकी व्यक्तिगत प्राथमिकताओं का भी सम्मान करता है। उदाहरण के लिए, यदि आप process के script ब्लॉक के अंदर indentation हटाते हैं, तो formatter इसे जैसा है वैसा ही छोड़ देगा, क्योंकि आप जानबूझकर उस शैली को पसंद कर सकते हैं।

वर्तमान में, Nextflow के लिए कोई सख्त शैली प्रवर्तन नहीं है, इसलिए language server कुछ लचीलापन प्रदान करता है। हालांकि, यह स्पष्टता बनाए रखने के लिए मेथड और function परिभाषाओं के आसपास लगातार फ़ॉर्मेटिंग नियमों को लागू करेगा।

6.2. कोड संगठन सुविधाएं¶

त्वरित Commenting¶

अपने workflow में कोड का एक ब्लॉक चुनें और इसे comment out करने के लिए Ctrl+/ (या Cmd+/) दबाएं:

// workflow {
//     ch_input = channel.fromPath(params.input)
//         .splitCsv(header: true)
//         .map { row -> [row.sample_id, file(row.fastq_path)] }
//
//     FASTQC(ch_input)
// }

यह इनके लिए उत्तम है:

विकास के दौरान workflows के भागों को अस्थायी रूप से अक्षम करना
जटिल channel ऑपरेशन में व्याख्यात्मक comments जोड़ना
workflow अनुभागों का दस्तावेज़ीकरण करना

कोड को uncomment करने के लिए फिर से Ctrl+/ (या Cmd+/) का उपयोग करें।

अवलोकन के लिए Code Folding¶

complex_workflow.nf में, process परिभाषाओं के बगल में छोटे तीर देखें। processes को fold (collapse) करने के लिए उन पर क्लिक करें:

Code folding

यह आपको कार्यान्वयन विवरण में खोए बिना आपके workflow संरचना का उच्च-स्तरीय अवलोकन देता है।

Bracket मिलान¶

किसी भी { या } bracket के बगल में अपना कर्सर रखें और VS Code मिलान करने वाले bracket को हाइलाइट करता है। मिलान करने वाले brackets के बीच जाने के लिए Ctrl+Shift+\ (या Cmd+Shift+\) का उपयोग करें।

यह इनके लिए महत्वपूर्ण है:

Process सीमाओं को समझना
गुम या अतिरिक्त brackets को खोजना
नेस्टेड workflow संरचनाओं को नेविगेट करना

Multi-line चयन और संपादन¶

एक साथ कई लाइनों को संपादित करने के लिए, VS Code शक्तिशाली multi-cursor क्षमताएं प्रदान करता है:

Multi-line चयन: कई लाइनों का चयन करने के लिए Ctrl+Alt (या MacOS के लिए Cmd+Option) को पकड़ें और arrow keys का उपयोग करें
Multi-line indenting: कई लाइनों का चयन करें और पूरे ब्लॉक को indent करने के लिए Tab का उपयोग करें या outdent करने के लिए Shift+Tab का उपयोग करें

यह विशेष रूप से इनके लिए उपयोगी है:

पूरे process ब्लॉक को लगातार indent करना
एक साथ कई लाइनों में comments जोड़ना
कई processes में समान पैरामीटर परिभाषाओं को संपादित करना

निष्कर्ष¶

आप जटिल workflows को कुशलता से व्यवस्थित करने के लिए automatic फ़ॉर्मेटिंग, commenting सुविधाओं, code folding, bracket मिलान और multi-line संपादन का उपयोग करके स्वच्छ, पठनीय कोड बनाए रख सकते हैं।

आगे क्या है?¶

जानें कि VS Code केवल कोड संपादन से परे आपके व्यापक विकास workflow के साथ कैसे एकीकृत होता है।

7. विकास Workflow एकीकरण¶

VS Code केवल कोड संपादन से परे आपके विकास workflow के साथ अच्छी तरह से एकीकृत होता है।

7.1. Version Control एकीकरण¶

Codespaces और Git एकीकरण

यदि आप GitHub Codespaces में काम कर रहे हैं, तो कुछ Git एकीकरण सुविधाएं अपेक्षित रूप से काम नहीं कर सकती हैं, विशेष रूप से Source Control के लिए कीबोर्ड शॉर्टकट। हो सकता है कि आपने प्रारंभिक सेटअप के दौरान डायरेक्टरी को Git repository के रूप में खोलने से इनकार कर दिया हो, जो प्रशिक्षण उद्देश्यों के लिए ठीक है।

यदि आपका प्रोजेक्ट एक git repository है (जैसा कि यह है), VS Code दिखाता है:

रंगीन संकेतकों के साथ संशोधित फ़ाइलें
status bar में Git स्थिति
Inline diff दृश्य
Commit और push क्षमताएं

git परिवर्तनों को देखने और editor में सीधे commits को stage करने के लिए source control बटन ( Source control आइकन ) (Ctrl+Shift+G या Cmd+Shift+G यदि आप VSCode के साथ locally काम कर रहे हैं) का उपयोग करके Source Control panel खोलें।

Source Control Panel

7.2. Workflows को चलाना और निरीक्षण करना¶

चलिए एक workflow चलाते हैं और फिर परिणामों का निरीक्षण करते हैं। integrated terminal (Windows और MacOS दोनों में Ctrl+Shift+ backtick) में, basic workflow चलाएं:

basic workflow चलाएं

nextflow run basic_workflow.nf --input data/sample_data.csv --output_dir results

जबकि workflow चल रहा है, आप terminal में real-time आउटपुट देखेंगे। पूर्ण होने के बाद, आप अपने editor को छोड़े बिना परिणामों का निरीक्षण करने के लिए VS Code का उपयोग कर सकते हैं:

work directories पर नेविगेट करें: .nextflow/work को browse करने के लिए file explorer या terminal का उपयोग करें
log फ़ाइलें खोलें: उन्हें सीधे VS Code में खोलने के लिए terminal आउटपुट में log फ़ाइल पथों पर क्लिक करें
आउटपुट का निरीक्षण करें: file explorer में प्रकाशित results directories को browse करें
execution रिपोर्ट देखें: HTML रिपोर्ट को सीधे VS Code या अपने ब्राउज़र में खोलें

यह कई एप्लिकेशन के बीच स्विच करने के बजाय सब कुछ एक ही जगह रखता है।

निष्कर्ष¶

आप एक ही इंटरफ़ेस से अपनी संपूर्ण विकास प्रक्रिया को प्रबंधित करने के लिए VS Code को version control और workflow execution के साथ एकीकृत कर सकते हैं।

आगे क्या है?¶

देखें कि ये सभी IDE सुविधाएं आपके दैनिक विकास workflow में एक साथ कैसे काम करती हैं।

8. सारांश और त्वरित नोट्स¶

ऊपर चर्चा की गई प्रत्येक IDE सुविधा पर कुछ त्वरित नोट्स यहां दिए गए हैं:

8.1. नई सुविधा शुरू करना¶

प्रासंगिक मौजूदा modules को खोजने के लिए त्वरित फ़ाइल open (Ctrl+P या Cmd+P)
समान processes को साथ-साथ देखने के लिए Split editor
फ़ाइल संरचना को समझने के लिए Symbol नेविगेशन (Ctrl+Shift+O या Cmd+Shift+O)
नया कोड जल्दी लिखने के लिए Auto-completion

8.2. मुद्दों को डीबग करना¶

एक साथ सभी त्रुटियों को देखने के लिए Problems panel (Ctrl+Shift+M या Cmd+Shift+M)
Process इंटरफ़ेस को समझने के लिए परिभाषा पर जाएं (Ctrl-click या Cmd-click)
देखने के लिए कि processes का उपयोग कैसे किया जाता है सभी संदर्भ खोजें
समान पैटर्न या मुद्दों को खोजने के लिए प्रोजेक्ट-व्यापी खोज

8.3. Refactoring और सुधार¶

पैटर्न खोजने के लिए प्रोजेक्ट-व्यापी खोज (Ctrl+Shift+F या Cmd+Shift+F)
निरंतरता बनाए रखने के लिए Auto-formatting (Shift+Alt+F या Shift+Option+F)
संरचना पर ध्यान केंद्रित करने के लिए Code folding
परिवर्तनों को ट्रैक करने के लिए Git एकीकरण

सारांश¶

अब आपने Nextflow विकास के लिए VS Code की IDE सुविधाओं का एक त्वरित दौरा किया है। ये टूल आपको इनके माध्यम से काफी अधिक उत्पादक बनाएंगे:

त्रुटियों को कम करना real-time syntax जांच के माध्यम से
विकास को तेज़ करना बुद्धिमान auto-completion के साथ
नेविगेशन में सुधार जटिल मल्टी-फ़ाइल workflows में
गुणवत्ता बनाए रखना सुसंगत फ़ॉर्मेटिंग के माध्यम से
समझ को बढ़ाना उन्नत highlighting और संरचना दृश्यीकरण के माध्यम से

हम उम्मीद नहीं करते कि आप सब कुछ याद रखेंगे, लेकिन अब आप जानते हैं कि ये सुविधाएं मौजूद हैं और जब आपको उनकी आवश्यकता होगी तो आप उन्हें ढूंढ पाएंगे। जैसे ही आप Nextflow workflows को विकसित करना जारी रखते हैं, ये IDE सुविधाएं स्वाभाविक हो जाएंगी, जिससे आप syntax और संरचना से जूझने के बजाय उच्च-गुणवत्ता वाले कोड लिखने पर ध्यान केंद्रित कर सकेंगे।

आगे क्या है?¶

अन्य प्रशिक्षण modules के माध्यम से काम करते समय इन IDE कौशल को लागू करें, उदाहरण के लिए:

nf-test: अपने workflows के लिए व्यापक test suites बनाएं
Hello nf-core: community मानकों के साथ उत्पादन-गुणवत्ता वाले pipelines बनाएं

इन IDE सुविधाओं की वास्तविक शक्ति तब उभरती है जब आप बड़े, अधिक जटिल प्रोजेक्ट्स पर काम करते हैं। उन्हें धीरे-धीरे अपने workflow में शामिल करना शुरू करें—कुछ सत्रों के भीतर, वे स्वाभाविक हो जाएंगी और परिवर्तित कर देंगी कि आप Nextflow विकास को कैसे देखते हैं।

त्रुटियों को आपको धीमा करने से पहले पकड़ने से लेकर आसानी के साथ जटिल codebases को नेविगेट करने तक, ये टूल आपको अधिक आत्मविश्वासी और कुशल डे