GitHub Codespaces

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GitHub Codespaces è una piattaforma basata sul web che ci permette di fornire un ambiente preconfigurato per la formazione, supportato da macchine virtuali nel cloud. La piattaforma è gestita da Github (di proprietà di Microsoft) ed è accessibile gratuitamente (con quote di utilizzo) a chiunque abbia un account Github.

Avviso

Gli account associati a organizzazioni possono essere soggetti a determinate restrizioni aggiuntive. Se questo è il vostro caso, potrebbe dover utilizzare un account personale indipendente, oppure optare per un'installazione locale.

Creare un account GitHub

È possibile creare un account GitHub gratuito dalla home page di GitHub.

Avviare il vostro GitHub Codespace

Una volta effettuato l'accesso a GitHub, apra questo link nel browser per aprire l'ambiente di formazione Nextflow: https://codespaces.new/nextflow-io/training?quickstart=1&ref=master

In alternativa, potete cliccare sul pulsante mostrato di seguito, che viene ripetuto in ogni corso di formazione (tipicamente nella pagina Orientamento).

Dovreste visualizzare una pagina dove potete creare un nuovo GitHub Codespace:

Configurazione

Per l'uso generale, non dovrebbe essere necessario configurare nulla. Salvo diversa indicazione nel corso che state iniziando, potete semplicemente cliccare sul pulsante principale per continuare.

Tuttavia, è possibile personalizzare l'ambiente cliccando sul pulsante "Change options".

Opzioni di configurazione

Se clicca sul pulsante "Change options", avrà la possibilità di personalizzare quanto segue:

Branch

Questo permette di selezionare una versione diversa dei materiali formativi. Il branch master generalmente contiene correzioni di bug e materiali che sono stati recentemente sviluppati e approvati ma non ancora rilasciati sul sito web. Altri branch contengono lavori in corso che potrebbero non essere completamente funzionanti.

Tipo di macchina

Questo permette di personalizzare la macchina virtuale che utilizzerà per lavorare attraverso la formazione.

Utilizzare una macchina con più core permette di sfruttare maggiormente la capacità di Nextflow di parallelizzare l'esecuzione del workflow. Tuttavia, consumerà la vostra quota gratuita più velocemente, quindi non raccomandiamo di modificare questa impostazione a meno che non sia consigliato nelle istruzioni del corso che sta pianificando di seguire.

Vedere 'Quote di GitHub Codespaces' di seguito per maggiori dettagli sulle quote.

Tempo di avvio

Aprire un nuovo ambiente GitHub Codespaces per la prima volta può richiedere diversi minuti, perché il sistema deve configurare la vostra macchina virtuale, quindi non preoccupatevi se c'è un tempo di attesa. Tuttavia, non dovrebbe richiedere più di cinque minuti.

Navigare nell'interfaccia di formazione

Una volta caricato il vostro GitHub Codespaces, dovrebbe vedere qualcosa di simile al seguente (che potrebbe aprirsi in modalità chiara a seconda delle preferenze del vostro account):

Questa è l'interfaccia dell'IDE VSCode, un'applicazione popolare per lo sviluppo del codice che raccomandiamo di utilizzare per lo sviluppo Nextflow.

• L'editor principale è dove il codice Nextflow e altri file di testo verranno aperti. Qui è dove modificherà il codice. Quando apre il codespace, questo mostrerà un'anteprima del file README.md.
• Il terminale sotto l'editor principale permette di eseguire comandi. Qui è dove eseguirà tutte le righe di comando fornite nelle istruzioni del corso.
• La barra laterale permette di personalizzare l'ambiente ed eseguire attività di base (copia, incolla, apertura file, ricerca, git, ecc.). Per impostazione predefinita è aperta sull'esplora file, che permette di navigare nei contenuti del repository. Cliccando su un file nell'esplora lo aprirà nella finestra dell'editor principale.

È possibile regolare le proporzioni relative dei riquadri della finestra come preferisce.

Altre note sull'uso di GitHub Codespaces

Riprendere una sessione

Una volta creato un ambiente, è possibile riprenderlo o riavviarlo facilmente e continuare da dove si era lasciato. L'ambiente andrà in timeout dopo 30 minuti di inattività e salverà le modifiche per un massimo di 2 settimane.

È possibile riaprire un ambiente da https://github.com/codespaces/. Gli ambienti precedenti saranno elencati. Clicchi su una sessione per riprenderla.

Se avete salvato l'URL del vostro ambiente GitHub Codespaces precedente, potete semplicemente aprirlo nel browser. In alternativa, cliccate sullo stesso pulsante che avete usato per crearlo inizialmente:

Dovrebbe vedere la sessione precedente, l'opzione predefinita è di riprenderla:

Salvare file sulla macchina locale

Per salvare qualsiasi file dal pannello esplora, cliccate con il tasto destro sul file e selezionate Download.

Gestire le quote di GitHub Codespaces

GitHub Codespaces offre fino a 15 GB-mese di spazio di archiviazione al mese, e 120 ore-core al mese. Questo equivale a circa 60 ore di runtime dell'ambiente predefinito utilizzando il workspace standard (2 core, 8 GB RAM e 32 GB di archiviazione).

È possibile crearli con più risorse (vedere la spiegazione sopra), ma questo consumerà il vostro utilizzo gratuito più velocemente e avrà meno ore di accesso a questo spazio. Per esempio, se seleziona una macchina a 4 core invece della predefinita a 2 core, la vostra quota si esaurirà in metà tempo.

Opzionalmente, è possibile acquistare l'accesso a più risorse.

Per maggiori informazioni, vedere la documentazione GitHub: Informazioni sulla fatturazione per GitHub Codespaces