Devcontainers Locali¶

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Se ha un'installazione Docker locale o è disposto a installarne una, il modo più semplice per lavorare localmente con questi materiali è utilizzare la funzionalità devcontainer di Visual Studio Code. Questo approccio fornisce tutti gli strumenti e le dipendenze necessarie senza richiedere l'installazione manuale.

Requisiti¶

Per utilizzare la configurazione devcontainer locale, avrà bisogno di:

Visual Studio Code
Un'installazione Docker locale, per esempio:
Docker Desktop (per Windows/macOS)
Docker Engine (per Linux)
Colima (alternativa per macOS)
Docker Buildx (incluso in Docker Desktop, ma potrebbe richiedere un'installazione separata con altre configurazioni Docker)
Estensione Dev Containers per VS Code

La vostra installazione Docker deve essere in esecuzione prima di tentare di aprire il devcontainer.

Per verificare che Docker buildx sia disponibile, eseguite:

docker buildx version

Se questo comando fallisce, dovrà installare l'estensione buildx prima di procedere.

Istruzioni di configurazione¶

Segua questi passaggi per configurare il vostro ambiente locale utilizzando i devcontainer di VS Code:

Installare l'estensione "Dev Containers" in VS Code¶

Apra VS Code
Vada su Extensions (Ctrl+Shift+X o Cmd+Shift+X su macOS)
Cerchi "Dev Containers"
Clicchi su "Install"

Installing Dev Containers extension in VS Code

Clonare il repository:¶

git clone https://github.com/nextflow-io/training.git
cd training

Aprire il repository in VS Code:¶

Avvii VS Code
Selezioni File -> Open Folder dal menu
Navighi e selezioni la cartella del repository training appena clonata
Clicchi su Open

Riaprire nel Container¶

Se VS Code vi chiede di "Reopen in Container", cliccate su di esso. In alternativa:

Prema F1 (o Ctrl+Shift+P / Cmd+Shift+P su macOS)
Digiti "Dev Containers: Reopen in Container"
Importante: Quando Le viene chiesto di selezionare una configurazione, scelga la configurazione devcontainer local-dev

Reopen in Container prompt

Selecting local configuration

Attenda che il container venga costruito. Questo potrebbe richiedere alcuni minuti la prima volta poiché scarica e configura tutti i componenti necessari.

Una volta che il container è costruito e in esecuzione, avrà un ambiente completamente configurato con tutti gli strumenti necessari installati, inclusi:

Java
Nextflow
Docker
Git
E tutte le altre dipendenze richieste per la formazione

VS Code with devcontainer running

Vantaggi dell'utilizzo dei Devcontainers¶

L'utilizzo dell'approccio devcontainer offre diversi vantaggi:

Coerenza: Garantisce un ambiente di sviluppo coerente su macchine diverse
Semplicità: Tutte le dipendenze sono preinstallate e configurate
Isolamento: L'ambiente di sviluppo è isolato dal vostro sistema locale
Riproducibilità: Tutti coloro che utilizzano il devcontainer ottengono la stessa configurazione
Nessuna installazione manuale: Non è necessario installare manualmente Java, Nextflow e altri strumenti

Verificare il vostro ambiente¶

Una volta che il devcontainer è in esecuzione, potete verificare che tutto sia configurato correttamente eseguendo:

nextflow info

Questo dovrebbe visualizzare la versione di Nextflow e le informazioni di runtime, confermando che il vostro ambiente è configurato correttamente.

Risoluzione dei problemi¶

Se riscontra problemi con la configurazione del devcontainer:

Assicuratevi che la vostra installazione Docker (Docker Desktop, Colima, Docker Engine, ecc.) sia in esecuzione prima di aprire il devcontainer
Verifichi di aver selezionato la configurazione local-dev quando richiesto
Verifichi che Docker buildx sia installato e funzionante eseguendo docker buildx version
Se il container non riesce a costruirsi, provi a ricostruirlo eseguendo il comando "Dev Containers: Rebuild Container"
Per problemi persistenti, consulti la guida alla risoluzione dei problemi di VS Code Dev Containers