Orientamento¶

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L'ambiente di formazione contiene tutto il software, il codice e i dati necessari per seguire questo corso di formazione, quindi non è necessario installare nulla autonomamente. Tuttavia, è necessario un account (gratuito) per accedere, e si dovrebbe dedicare qualche minuto per familiarizzare con l'interfaccia.

Se non lo ha ancora fatto, segua questo link prima di procedere oltre.

Materiali forniti¶

Durante questo corso di formazione, lavoreremo nella directory nf4-science/genomics/, nella quale è necessario spostarsi quando si apre lo spazio di lavoro della formazione. Questa directory contiene tutti i file di codice, i dati di test e i file accessori di cui avrà bisogno.

Si senta libero di esplorare i contenuti di questa directory; il modo più semplice per farlo è utilizzare l'esploratore di file sul lato sinistro dello spazio di lavoro della formazione nell'interfaccia VSCode. In alternativa, potete utilizzare il comando tree. Durante il corso, utilizziamo l'output di tree per rappresentare la struttura e i contenuti della directory in forma leggibile, talvolta con modifiche minori per chiarezza.

Qui generiamo un indice dei contenuti fino al secondo livello:

tree . -L 2

Se esegue questo comando all'interno di nf4-science/genomics, dovrebbe vedere il seguente output:

Contenuti della directory

.
├── data
│   ├── bam
│   ├── ref
│   ├── sample_bams.txt
│   └── samplesheet.csv
├── genomics-1.nf
├── genomics-2.nf
├── genomics-3.nf
├── genomics-4.nf
├── nextflow.config
└── solutions
    ├── modules
    ├── nf-test.config
    └── tests

6 directories, 8 files

Nota

Non si preoccupi se questo sembra molto; esamineremo le parti rilevanti in ogni fase del corso. Questo è solo per fornirLe una panoramica.

Ecco un riepilogo di ciò che dovrebbe sapere per iniziare:

I file .nf sono script di workflow denominati in base alla parte del corso in cui vengono utilizzati.
Il file nextflow.config è un file di configurazione che imposta proprietà minime dell'ambiente. Può ignorarlo per ora.
La directory data contiene dati di input e risorse correlate, descritte più avanti nel corso.
La directory solutions contiene file di moduli e configurazioni di test che risultano dalle Parti 3 e 4 del corso. Sono destinati ad essere utilizzati come riferimento per verificare il vostro lavoro e risolvere eventuali problemi.

Suggerimento

Se per qualsiasi motivo vi spostate fuori da questa directory, potete sempre eseguire questo comando per ritornarvi:

cd /workspaces/training/nf4-science/genomics

Ora, per iniziare il corso, cliccate sulla freccia nell'angolo in basso a destra di questa pagina.