Nextflow run per l'Imaging

Traduzione assistita da IA - scopri di più e suggerisci miglioramenti

Questo corso di formazione è destinato ai ricercatori nel campo dell'imaging e della biologia spaziale interessati ad eseguire e personalizzare pipeline di analisi dati. Insegna i concetti fondamentali di Nextflow relativi all'esecuzione, all'organizzazione e alla configurazione dei workflow utilizzando nf-core/molkart, una pipeline per l'elaborazione di dati di trascrittomica spaziale Molecular Cartography. Le competenze acquisite qui sono trasferibili a qualsiasi pipeline Nextflow o nf-core.

Iniziamo! Clicchi sul pulsante "Open in GitHub Codespaces" qui sotto per avviare l'ambiente di formazione (preferibilmente in una scheda separata), quindi continui a leggere mentre si carica.

Obiettivi di apprendimento

Lavorando attraverso questo corso, imparerà ad applicare i concetti e gli strumenti fondamentali di Nextflow all'esecuzione di pipeline di analisi di imaging.

Al termine di questo workshop sarà in grado di:

• Avviare un workflow Nextflow localmente e monitorarne l'esecuzione
• Trovare e interpretare gli output (risultati) e i file di log generati da Nextflow
• Eseguire una pipeline nf-core con dati di test e input personalizzati
• Configurare l'esecuzione della pipeline utilizzando profili e file di parametri
• Gestire gli input utilizzando samplesheet e parametri da riga di comando

Pubblico e prerequisiti

Questo corso presuppone una minima familiarità con quanto segue:

• Esperienza con la riga di comando
• Familiarità di base con i formati di file di imaging (immagini TIFF, dati tabulari)

Per i requisiti tecnici e la configurazione dell'ambiente, consulti il mini-corso Configurazione dell'Ambiente.