시작하기¶

교육 환경 시작¶

GitHub Codespaces에서 제공하는 사전 구축된 환경을 사용하려면 아래 "Open in GitHub Codespaces" 버튼을 클릭하십시오. 다른 옵션은 환경 옵션을 참조하십시오.

환경이 로드되는 동안 계속 읽을 수 있도록 새 브라우저 탭이나 창에서 교육 환경을 여는 것이 좋습니다(장비에 따라 우클릭, ctrl-클릭 또는 cmd-클릭 사용). 과정을 진행하려면 이 지침을 병렬로 열어 두어야 합니다.

환경 기초¶

이 교육 환경에는 교육 과정을 진행하는 데 필요한 모든 소프트웨어, 코드 및 데이터가 포함되어 있으므로 직접 아무것도 설치할 필요가 없습니다.

codespace는 파일 시스템 탐색기, 코드 편집기 및 터미널 셸을 포함하는 VSCode 인터페이스로 설정되어 있습니다. 과정 중 제공되는 모든 지침(예: '파일 열기', '코드 편집' 또는 '이 명령 실행')은 별도로 지정하지 않는 한 VScode 인터페이스의 이 세 부분을 참조합니다.

직접 이 과정을 진행하는 경우 환경 기초를 참조하여 자세한 내용을 확인하십시오.

버전 요구 사항¶

이 교육은 v2 구문 분석기가 활성화된 Nextflow 25.10.2 이상용으로 설계되었습니다. 로컬 또는 사용자 정의 환경을 사용하는 경우 여기에 문서화된 대로 올바른 설정을 사용하고 있는지 확인하십시오.

작업 준비¶

codespace가 실행되면 교육에 들어가기 전에 두 가지를 해야 합니다: 이 특정 과정에 대한 작업 디렉토리 설정 및 제공된 자료 살펴보기.

작업 디렉토리 설정¶

기본적으로 codespace는 모든 교육 과정의 루트에서 작업 디렉토리가 설정된 상태로 열리지만, 이 과정에서는 hello-nextflow/ 디렉토리에서 작업합니다.

터미널에서 다음 명령을 실행하여 지금 디렉토리를 변경하십시오:

cd hello-nextflow/

VSCode가 이 디렉토리에 초점을 맞추도록 설정하여 파일 탐색기 사이드바에 관련 파일만 표시되도록 할 수 있습니다:

code .

Tip

어떤 이유로든 이 디렉토리에서 벗어난 경우(예: codespace가 중지 상태로 전환된 경우), Github Codespaces 교육 환경 내에서 실행한다고 가정하고 전체 경로를 사용하여 언제든지 돌아올 수 있습니다:

cd /workspaces/training/hello-nextflow

이제 내용을 살펴보겠습니다.

제공된 자료 탐색¶

교육 작업 공간의 왼쪽에 있는 파일 탐색기를 사용하여 이 디렉토리의 내용을 탐색할 수 있습니다. 또는 tree 명령을 사용할 수 있습니다.

과정 전체에서 tree의 출력을 사용하여 디렉토리 구조와 내용을 읽기 쉬운 형태로 표현하며, 때로는 명확성을 위해 약간의 수정을 가합니다.

여기서는 두 번째 수준까지 목차를 생성합니다:

tree . -L 2

디렉토리 내용

.
├── data
│   └── greetings.csv
├── hello-channels.nf
├── hello-config.nf
├── hello-containers.nf
├── hello-modules.nf
├── hello-workflow.nf
├── hello-world.nf
├── nextflow.config
├── solutions
│   ├── 1-hello-world
│   ├── 2-hello-channels
│   ├── 3-hello-workflow
│   ├── 4-hello-modules
│   ├── 5-hello-containers
│   └── 6-hello-config
├── test-params.json
└── test-params.yaml

색상이 있는 상자를 클릭하여 섹션을 확장하고 내용을 봅니다. 예상되는 명령 출력을 간결하게 포함하기 위해 이와 같은 접을 수 있는 섹션을 사용합니다.

.nf 파일은 과정의 어느 부분에서 사용되는지에 따라 이름이 지정된 워크플로우 스크립트입니다.
nextflow.config 파일은 최소한의 환경 속성을 설정하는 구성 파일입니다. 지금은 무시해도 됩니다.
data/ 아래의 greetings.csv 파일에는 과정 대부분에서 사용할 입력 데이터가 포함되어 있습니다. Part 2(Channels)에서 처음 소개할 때 설명합니다.
test-params.* 파일은 Part 6(Configuration)에서 사용할 구성 파일입니다. 지금은 무시해도 됩니다.
solutions 디렉토리에는 과정의 각 단계에서 나온 완성된 워크플로우 스크립트가 포함되어 있습니다. 작업을 확인하고 문제를 해결하기 위한 참조용입니다.

준비 완료 체크리스트¶

들어갈 준비가 되셨다고 생각하시나요?

이 과정의 목표와 전제 조건을 이해합니다
환경이 실행 중입니다
작업 디렉토리를 적절하게 설정했습니다

모든 항목을 체크할 수 있다면 준비 완료입니다.

Part 1: Hello World로 계속하려면 이 페이지 오른쪽 하단의 화살표를 클릭하십시오.