Nextflow 버전
현재 지원되는 Nextflow 문법 버전 및 요구 사항¶
교육 포털 버전 3.0부터 모든 교육 과정은 과정 인덱스 페이지에 별도로 명시되지 않는 한 Nextflow 25.10.2 버전 릴리스를 기반으로 합니다(버전 공지가 포함되지 않을 수 있는 더 이상 사용되지 않거나 아카이브된 자료 제외).
과정에서 이제 workflow 수준의 typed inputs과 workflow 수준 output directives를 사용하기 때문에 V2 syntax parser를 사용해야 합니다. Github Codespaces 또는 로컬 devcontainer를 통해 제공하는 환경을 사용할 계획이라면 과정 지침에 특별히 명시되지 않는 한 별도의 작업이 필요하지 않습니다. 그러나 자체 환경에서 교육을 진행할 계획이라면(수동 설치), v2 syntax parser가 활성화된 Nextflow 버전 25.10.2 이상을 사용해야 합니다.
교육 자료의 이전 버전¶
교육 자료는 2025년 2월부터 버전 관리되고 있습니다.
모든 페이지 상단의 드롭다운 메뉴 항목을 통해 교육 자료의 번호가 매겨진 버전을 확인하고 25.10.2 이전 Nextflow 버전에서 작동하는 이전 버전의 교육 자료에 접근할 수 있습니다. 이전 버전의 교육 자료를 선택하면 교육 환경 링크가 자동으로 해당 환경 버전을 지정합니다.
Nextflow 문법 버전에 대한 기타 정보¶
Nextflow에는 때때로 혼동되는 두 가지 별개의 버전 관리 개념이 있습니다: DSL 버전과 syntax parser 버전.
DSL1 대 DSL2는 Nextflow pipeline을 작성하는 근본적으로 다른 방식을 나타냅니다.
DSL1은 process가 channel을 통해 암묵적으로 연결되는 원래 문법이었습니다.
Nextflow 20.07에 도입된 DSL2는 모듈성 기능을 추가했습니다: 다른 파일에서 process와 workflow를 가져오는 기능, 명시적인 workflow 블록, 명명된 process outputs.
DSL1은 Nextflow 22.03에서 더 이상 사용되지 않게 되었고 22.12에서 제거되었습니다.
모든 현대적인 Nextflow 코드는 DSL2를 사용합니다.
Syntax parser v1 대 v2는 둘 다 DSL2 코드와 함께 작동하는 서로 다른 parser를 나타냅니다. v1 parser는 원래의 더 관대한 parser입니다. v2 parser는 더 엄격하며 static typing(typed inputs 및 outputs)과 workflow 수준 output directives 같은 새로운 언어 기능을 활성화합니다. v2 parser는 또한 더 나은 오류 메시지를 제공하고 런타임이 아닌 파싱 시점에 더 많은 오류를 잡아냅니다. v2 parser는 Nextflow 26.04에서 기본값이 됩니다.
요약하면: DSL2는 작성하는 언어이고, syntax parser 버전은 해당 언어가 얼마나 엄격하게 해석되는지와 어떤 고급 기능을 사용할 수 있는지를 결정합니다.
Nextflow 버전 확인 및 설정¶
nextflow --version 명령을 사용하여 시스템에 설치된 Nextflow 버전을 확인할 수 있습니다.
Nextflow 버전 업데이트 방법에 대한 자세한 내용은 Nextflow 업데이트에 대한 참조 문서를 확인하십시오.
v2 syntax parser 활성화¶
현재 세션에서 v2 syntax parser를 활성화하려면 터미널에서 다음 명령을 실행하십시오:
이를 영구적으로 만들려면(Nextflow 26.04에서 v2가 기본값이 될 때까지), export 명령을 shell 프로필(~/.bashrc, ~/.zshrc 등)에 추가하십시오:
NXF_SYNTAX_PARSER=v2 환경 변수는 임시 요구 사항입니다.
Nextflow 26.04부터 v2 parser가 기본값이 되며 이 설정은 더 이상 필요하지 않습니다.
v2 syntax parser 비활성화¶
현재 세션에서 v2 syntax parser를 비활성화하려면 터미널에서 다음 명령을 실행하십시오:
기존 코드 마이그레이션¶
최신 Nextflow 버전에 맞게 기존 코드를 마이그레이션하는 방법에 대한 안내는 참조 문서의 마이그레이션 노트를 참조하십시오.
다음 두 문서는 최신 릴리스로 마이그레이션하는 데 특히 유용합니다:
이 두 기능은 교육 자료 버전 3.0부터 시작하는 초급 교육의 일부로 다룹니다.
마이그레이션하려는 Nextflow 코드의 세대에 따라 nextflow lint -format 명령을 사용하여 Nextflow linter로 대부분의 작업을 완료할 수 있습니다.
자세한 내용은 lint에 대한 CLI 참조를 확인하십시오.
이것이 도움이 되기를 바랍니다. 도움이 필요하시면 Slack이나 포럼에서 연락해 주십시오.
