Nextflow Runcourse¶
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과정 요약
AI 지원 번역 - 자세히 알아보기 및 개선 제안
Nextflow Run은 재현 가능하고 확장 가능한 데이터 분석 workflow 실행에 대한 실습 입문 과정입니다.
실용적인 예제와 안내된 연습을 통해 pipeline 실행, 파일 및 소프트웨어 의존성 관리, 손쉬운 병렬 실행, 다양한 컴퓨팅 환경에서의 workflow 실행 방법을 포함한 Nextflow 사용의 기본 사항을 배웁니다.
Nextflow로 workflow를 실행하기 위한 기술과 자신감을 얻게 됩니다.
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추가 정보
기술 요구사항
GitHub 계정 또는 Nextflow 로컬 설치가 필요합니다. 자세한 내용은 환경 옵션을 참조하세요.
학습 목표
- Nextflow workflow 실행 및 관리
- 출력(결과) 및 로그 파일 찾기 및 해석
- 간단한 다단계 workflow에서 핵심 Nextflow 구성 요소 인식
- HPC 및 클라우드를 포함한 일반적인 컴퓨팅 플랫폼에서 실행하도록 pipeline 구성
- 코드 모듈화 및 소프트웨어 컨테이너를 포함하여 pipeline을 FAIR하게 만드는 재현성, 이식성 및 코드 재사용을 위한 모범 사례 요약
대상 및 선수조건
- 대상: 이 과정은 Nextflow를 처음 접하고 기존 pipeline을 실행하려는 학습자를 위해 설계되었습니다.
- 기술: 명령줄, 기본 스크립팅 개념 및 일반적인 파일 형식에 대한 어느 정도의 친숙함이 필요합니다.
- 도메인: 모든 연습은 도메인에 구애받지 않으므로 사전 과학 지식이 필요하지 않습니다.
과정 개요¶
학습 내용¶
이 과정은 실습 중심이며, 목표 지향적인 연습을 통해 정보를 단계적으로 학습합니다.
텍스트 입력을 처리하는 Nextflow pipeline의 여러 버전을 실행합니다. 단일 단계로 구성된 간단한 버전부터 시작하여, CSV 파일의 표 형식 텍스트 입력을 받아 몇 가지 변환 단계를 거친 후, 변환된 텍스트를 말하는 캐릭터의 ASCII 그림을 포함하는 단일 텍스트 파일을 출력하는 다단계 버전으로 진행합니다.
이 과정은 pipeline 실행에 중점을 둡니다(핵심 nextflow run 명령의 이름을 따서 명명됨).
Nextflow pipeline 개발에 대한 입문을 찾고 있다면 Hello Nextflow를 참조하세요.
학습 계획¶
Nextflow로 작성된 pipeline을 실행하고 관리하는 특정 측면에 초점을 맞춘 세 부분으로 나누었습니다.
| 과정 챕터 | 요약 | 예상 소요 시간 |
|---|---|---|
| 파트 1: 기본 작업 실행 | 간단한 workflow의 실행 및 관리 | 30분 |
| 파트 2: 실제 pipeline 실행 | 복잡한 입력 처리, 다단계 workflow 실행, 컨테이너 사용 및 손쉬운 병렬 실행 | 60분 |
| 파트 3: 실행 구성 | pipeline 동작 사용자 정의 및 다양한 컴퓨팅 환경에서의 사용 최적화 | 60분 |
이 과정이 끝나면 과학 컴퓨팅 요구 사항에 맞는 재현 가능한 workflow를 실행하기 위한 다음 단계를 수행할 준비가 됩니다.
과정을 시작할 준비가 되셨나요?