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오리엔테이션

AI 지원 번역 - 자세히 알아보기 및 개선 제안

이 오리엔테이션은 "Open in GitHub Codespaces" 버튼을 클릭하여 이미 교육 환경을 열었다고 가정합니다. 아직 열지 않았다면, 지금 여십시오. 가능하면 이 지침을 참조할 수 있도록 두 번째 브라우저 창이나 탭에서 여는 것이 좋습니다.

Open in GitHub Codespaces

머신 크기 요구사항

이 교육 과정을 위한 Codespace를 생성할 때 8코어 머신을 선택하십시오. 생물 이미징 워크플로우에는 추가 컴퓨팅 리소스가 필요합니다.

GitHub Codespaces

GitHub Codespaces 환경에는 이 교육 과정을 진행하는 데 필요한 모든 소프트웨어, 코드 및 데이터가 포함되어 있으므로 별도로 설치할 필요가 없습니다. 다만, 로그인하려면 (무료) GitHub 계정이 필요하며, 인터페이스에 익숙하지 않으시다면 GitHub Codespaces 오리엔테이션 단기 과정을 완료하여 몇 분간 익숙해지시기 바랍니다.

Docker 이미지 사전 다운로드

Codespace를 열었으면, 이 교육 과정에 필요한 모든 Docker 이미지를 사전에 다운로드하겠습니다. 이렇게 하면 나중에 시간을 절약하고 워크플로우가 원활하게 실행됩니다.

새 터미널 탭을 열고 다음 명령을 실행하십시오:

nextflow run nf-core/molkart -profile docker,test -stub -resume --outdir results

이 명령은 백그라운드에서 필요한 모든 Docker 이미지를 다운로드합니다. 이 작업이 실행되는 동안 오리엔테이션의 나머지 부분을 계속 진행할 수 있습니다.

-stub 플래그를 사용하면 실제 데이터를 처리하지 않고 파이프라인이 빠르게 실행되므로 이미지 다운로드에 완벽합니다. 터미널 탭에서 진행 상황을 모니터링할 수 있습니다.

작업 디렉토리

이 교육 과정 전체에서 nf4-science/imaging/ 디렉토리에서 작업합니다.

터미널에서 다음 명령을 실행하여 지금 디렉토리를 변경하십시오:

cd nf4-science/imaging/

어떤 이유로든 이 디렉토리에서 벗어났다면, GitHub Codespaces 교육 환경 내에서 실행 중이라고 가정할 때 항상 전체 경로를 사용하여 돌아올 수 있습니다:

cd /workspaces/training/nf4-science/imaging

이제 과정을 시작하려면 이 페이지의 오른쪽 하단 모서리에 있는 화살표를 클릭하십시오.