Szkolenie Nextflow¶
-
Kursy do samodzielnej nauki
Witamy w portalu szkoleniowym społeczności Nextflow!
Poniższe kursy szkoleniowe są zaprojektowane jako materiały do samodzielnej nauki. Możesz przerabiać je we własnym tempie w dowolnym czasie, korzystając ze środowiska internetowego, które udostępniamy przez GitHub Codespaces, lub we własnym środowisku.
-
Dodatkowe informacje
Kompatybilność wersji
Od stycznia 2026 roku wszystkie nasze kursy szkoleniowe Nextflow wymagają wersji Nextflow 25.10.2 lub nowszej, z włączoną ścisłą składnią, chyba że zaznaczono inaczej.
Więcej informacji o wymaganiach wersji i ścisłej składni znajdziesz w przewodniku migracji dokumentacji Nextflow.
Starsze wersje materiałów szkoleniowych odpowiadające wcześniejszej składni są dostępne poprzez selektor wersji w pasku menu tej strony.
Opcje środowiska
Udostępniamy internetowe środowisko szkoleniowe, w którym wszystko, czego potrzebujesz do szkolenia, jest preinstalowane, dostępne przez GitHub Codespaces (wymaga darmowego konta GitHub).
Jeśli to nie odpowiada Twoim potrzebom, zapoznaj się z innymi opcjami środowiska.
Wydarzenia szkoleniowe
Jeśli wolisz uczestniczyć w szkoleniu Nextflow w ramach zorganizowanego wydarzenia, istnieje wiele możliwości. Polecamy sprawdzić następujące opcje:
- Tygodnie szkoleniowe organizowane kwartalnie przez zespół społeczności
- Wydarzenia Seqera obejmują wydarzenia szkoleniowe organizowane przez Seqera (szukaj 'Seqera Sessions' i 'Nextflow Summit')
- Ambasadorzy Nextflow organizują wydarzenia dla swojej lokalnej społeczności
- Wydarzenia nf-core obejmują hackathony społecznościowe
Informacje dla prowadzących szkolenia
Jeśli jesteś instruktorem prowadzącym własne szkolenia, możesz korzystać z naszych materiałów bezpośrednio z portalu szkoleniowego, pod warunkiem podania odpowiedniego źródła. Szczegóły znajdziesz w sekcji 'Licencja i polityka współpracy' poniżej.
Ponadto chętnie dowiemy się, jak moglibyśmy lepiej wspierać Twoje działania szkoleniowe! Skontaktuj się z nami pod adresem community@seqera.io lub na forum społecznościowym (zobacz stronę Pomoc).
Licencja open-source i polityka współpracy
Te materiały szkoleniowe są tworzone i utrzymywane przez Seqera i udostępniane na licencji open-source (CC BY-NC-SA) dla dobra społeczności. Jeśli chcesz wykorzystać te materiały w sposób wykraczający poza zakres licencji (zwróć uwagę na ograniczenia dotyczące użytku komercyjnego i redystrybucji), skontaktuj się z nami pod adresem community@seqera.io, aby omówić Swoją prośbę.
Z przyjemnością przyjmujemy ulepszenia, poprawki i zgłoszenia błędów od społeczności. Każda strona ma ikonę w prawym górnym rogu, która prowadzi do repozytorium kodu, gdzie możesz zgłaszać problemy lub proponować zmiany w materiałach szkoleniowych poprzez pull request. Więcej szczegółów znajdziesz w pliku
README.mdw repozytorium.
Tłumaczenie wspomagane przez AI
To tłumaczenie zostało utworzone przy użyciu sztucznej inteligencji i zweryfikowane przez ludzkich tłumaczy. Zachęcamy do przekazywania opinii i sugestii ulepszeń. Więcej informacji znajdziesz w naszym przewodniku tłumaczenia.
Katalog kursów szkoleniowych Nextflow¶
-
Ścieżka wprowadzająca
Nextflow dla początkujących¶
Kursy niezależne od dziedziny, przeznaczone dla osób, które są całkowicie nowe w Nextflow. Każdy z nich składa się z serii modułów szkoleniowych. Te moduły pomagają uczącym się stopniowo rozwijać swoje umiejętności.
Hello Nextflow: Naucz się tworzyć własne pipeline'y
Ten kurs obejmuje podstawowe komponenty języka Nextflow w wystarczającym szczegółach, aby umożliwić tworzenie prostych, ale w pełni funkcjonalnych pipeline'ów, a także kluczowe elementy projektowania, tworzenia i konfigurowania pipeline'ów.
Nextflow Run: Naucz się uruchamiać istniejące pipeline'y
Zwięzłe wprowadzenie do uruchamiania i konfigurowania pipeline'ów Nextflow, oparte na kursie Hello Nextflow dla programistów, ale z mniejszym naciskiem na kod. Obejmuje wykonywanie, wyjścia, podstawową strukturę kodu i konfigurację dla różnych środowisk obliczeniowych.
Nextflow dla nauki¶
Naucz się stosować koncepcje i komponenty przedstawione w 'Hello Nextflow' do konkretnych zastosowań naukowych.
Nextflow dla genomiki (wykrywanie wariantów)
Dla badaczy, którzy chcą nauczyć się tworzyć własne pipeline'y genomiczne. Poprzez przypadek wykrywania wariantów pokazuje, jak budować prosty, ale funkcjonalny pipeline genomiczny.
Nextflow dla RNAseq (bulk RNAseq)
Dla badaczy, którzy chcą nauczyć się tworzyć własne pipeline'y RNAseq. Poprzez przypadek przetwarzania bulk RNAseq demonstruje, jak budować prosty, ale funkcjonalny pipeline analityczny.
Nextflow dla obrazowania (spatial omics)
Dla badaczy zajmujących się obrazowaniem i spatial omics, którzy chcą nauczyć się uruchamiać i dostosowywać workflow'y analityczne. Oparty na nf-core/molkart, kurs demonstruje konfigurację, wykonywanie oraz zarządzanie wejściami dla workflow'ów Nextflow.
-
Ścieżka zaawansowana
Od Nextflow do nf-core¶
Naucz się wykorzystywać kod i najlepsze praktyki z projektu społeczności nf-core.
Te kursy pomagają przejść od podstaw Nextflow do najlepszych praktyk nf-core. Zrozum, jak i dlaczego społeczność buduje swoje workflow'y, oraz jak możesz współtworzyć i ponownie stosować te techniki.
Hello nf-core: Rozpocznij pracę z nf-core
Dla programistów, którzy chcą nauczyć się uruchamiać i tworzyć workflow'y zgodne z nf-core. Kurs szczegółowo omawia strukturę tych workflow'ów, umożliwiając budowanie prostych, ale funkcjonalnych rozwiązań. Uczestnicy poznają szablon, najlepsze praktyki deweloperskie oraz istniejące moduły społeczności.
Zaawansowane szkolenie Nextflow¶
Poznaj zaawansowane koncepcje i mechanizmy tworzenia i wdrażania pipeline'ów Nextflow dla rzeczywistych przypadków użycia.
Side Quests: Głębokie zanurzenia w samodzielne tematy
Samodzielne mini-kursy przeznaczone dla programistów Nextflow, którzy chcą poszerzyć swój zakres i/lub pogłębić umiejętności w określonych tematach. Są przedstawione liniowo, ale można je realizować w dowolnej kolejności (zobacz zależności w przeglądzie każdego mini-kursu).
Kolekcje szkoleniowe: Polecane ścieżki nauki przez Side Quests
Kolekcje szkoleniowe łączą wiele Side Quests, aby zapewnić kompleksowe doświadczenie edukacyjne wokół określonego tematu lub przypadku użycia.
Szukasz zarchiwizowanych materiałów szkoleniowych?
Starsze materiały szkoleniowe (Fundamentals Training, Advanced Training i inne eksperymentalne kursy) zostały usunięte z portalu szkoleniowego, ponieważ są niekompatybilne ze ścisłą składnią Nextflow 3.0. Jeśli potrzebujesz dostępu do tych materiałów, są one dostępne w historii git sprzed stycznia 2026 roku.
