Wprowadzenie¶

Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia

Uruchomienie środowiska szkoleniowego¶

Aby skorzystać z przygotowanego przez nas środowiska w GitHub Codespaces, kliknij przycisk "Open in GitHub Codespaces" poniżej. Aby poznać inne opcje, zobacz Opcje środowiska.

Zalecamy otwarcie środowiska szkoleniowego w nowej karcie lub oknie przeglądarki (użyj kliknięcia prawym przyciskiem myszy, ctrl+kliknięcie lub cmd+kliknięcie w zależności od sprzętu), aby móc czytać instrukcje podczas ładowania środowiska. Musisz zachować te instrukcje otwarte równolegle, aby przejść przez kurs.

Podstawy środowiska¶

To środowisko szkoleniowe zawiera wszystkie oprogramowanie, kod i dane niezbędne do przejścia przez kurs szkoleniowy, więc nie musisz niczego samodzielnie instalować.

Codespace jest skonfigurowany z interfejsem VSCode, który zawiera eksplorator systemu plików, edytor kodu i powłokę terminala. Wszystkie instrukcje podane podczas kursu (np. „otwórz plik", „edytuj kod" lub „uruchom to polecenie") odnoszą się do tych trzech części interfejsu VSCode, chyba że określono inaczej.

Jeśli przechodzisz przez ten kurs samodzielnie, zapoznaj się z podstawami środowiska, aby uzyskać więcej szczegółów.

Wymagania dotyczące wersji¶

To szkolenie jest przeznaczone dla Nextflow 25.10.2 lub nowszego z WYŁĄCZONYM parserem składni v2.

Jeśli korzystasz z naszego środowiska szkoleniowego:¶

MUSISZ uruchomić następujące polecenie przed kontynuowaniem:

export NXF_SYNTAX_PARSER=v1

Jeśli korzystasz ze środowiska lokalnego lub niestandardowego:¶

Upewnij się, że używasz prawidłowych ustawień zgodnie z dokumentacją tutaj.

Szkolenie dodatkowo wymaga nf-core tools 3.4.1. Jeśli używasz innej wersji narzędzi nf-core, możesz mieć trudności z podążaniem za kursem.

Możesz sprawdzić, jaka wersja jest zainstalowana w Twoim środowisku za pomocą polecenia nf-core --version.

Przygotowanie do pracy¶

Gdy Twój codespace już działa, musisz wykonać dwie rzeczy przed rozpoczęciem szkolenia: ustawić katalog roboczy dla tego konkretnego kursu i przyjrzeć się dostarczonym materiałom.

Ustawienie katalogu roboczego¶

Domyślnie codespace otwiera się z lokalizacją główną wszystkich kursów szkoleniowych, ale w tym module będziemy pracować w folderze hello-nf-core/.

Zmień teraz katalog, uruchamiając to polecenie w terminalu:

cd hello-nf-core/

Wskazówka

Jeśli z jakiegokolwiek powodu wyjdziesz z tego katalogu (np. Twój codespace przejdzie w stan uśpienia), zawsze możesz użyć pełnej ścieżki, aby do niego powrócić, zakładając, że pracujesz w środowisku szkoleniowym Github Codespaces:

cd /workspaces/training/hello-nf-core

Teraz przyjrzyjmy się zawartości tego katalogu.

Eksploracja dostarczonych materiałów¶

Możesz przeglądać zawartość tego katalogu używając eksploratora plików po lewej stronie obszaru roboczego szkolenia. Alternatywnie możesz użyć polecenia tree.

W trakcie kursu używamy wyjścia tree do przedstawienia struktury folderów i ich zawartości w czytelnej formie, czasami z drobnymi modyfikacjami dla przejrzystości.

Tutaj generujemy spis treści do drugiego poziomu w dół:

tree . -L 2

Zawartość katalogu

.
├── greetings.csv
├── original-hello
│   ├── hello.nf
│   ├── modules
│   └── nextflow.config
└── solutions
    ├── composable-hello
    ├── core-hello-part2
    ├── core-hello-part3
    ├── core-hello-part4
    ├── core-hello-part5
    └── core-hello-start

Kliknij na kolorowe pole, aby rozwinąć sekcję i wyświetlić jej zawartość. Używamy zwijanych sekcji w ten sposób, aby w zwięzły sposób uwzględnić oczekiwane wyjście poleceń.

Plik greetings.csv to plik CSV zawierający minimalne dane kolumnowe, których używamy do celów testowych.
Katalog original-hello zawiera kopię kodu źródłowego powstałego w wyniku przejścia przez kompletną serię szkoleń Hello Nextflow (z włączonym Docker).
Katalog solutions zawiera ukończone skrypty workflow'u powstałe w wyniku każdego kroku kursu. Są one przeznaczone do użycia jako punkt odniesienia do sprawdzenia Twojej pracy i rozwiązywania problemów.

Lista gotowości¶

Myślisz, że jesteś gotowy, aby zacząć?

Rozumiem cel tego kursu i jego wymagania wstępne
Moje środowisko jest uruchomione i działa
Upewniłem się, że parser składni jest ustawiony na v1
Ustawiłem odpowiednio mój katalog roboczy

Jeśli możesz zaznaczyć wszystkie pola, możesz zaczynać.

Aby przejść do Części 1, kliknij strzałkę w prawym dolnym rogu tej strony.