Nextflow run dla Obrazowania¶
Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia
Ten kurs szkoleniowy jest przeznaczony dla naukowców zajmujących się obrazowaniem i biologią przestrzenną, którzy są zainteresowani uruchamianiem i dostosowywaniem pipeline'ów analizy danych. Kurs uczy podstawowych koncepcji Nextflow związanych z uruchamianiem, organizowaniem i konfigurowaniem workflow'ów przy użyciu nf-core/molkart, pipeline'u do przetwarzania danych transkryptomiki przestrzennej Molecular Cartography. Umiejętności, których się tutaj nauczysz, można przenieść do dowolnego pipeline'u Nextflow lub nf-core.
Zaczynajmy! Kliknij przycisk "Open in GitHub Codespaces" poniżej, aby uruchomić środowisko szkoleniowe (najlepiej w osobnej karcie), a następnie czytaj dalej podczas jego ładowania.
Cele szkolenia¶
Pracując nad tym kursem, nauczysz się, jak stosować podstawowe koncepcje i narzędzia Nextflow do uruchamiania pipeline'ów analizy obrazowania.
Pod koniec tego warsztatu będziesz w stanie:
- Uruchomić workflow Nextflow lokalnie i monitorować jego wykonywanie
- Znaleźć i zinterpretować wyjścia (wyniki) i pliki dziennika wygenerowane przez Nextflow
- Uruchomić pipeline nf-core z danymi testowymi i własnymi danymi wejściowymi
- Skonfigurować wykonywanie pipeline'u przy użyciu profili i plików parametrów
- Zarządzać danymi wejściowymi za pomocą arkuszy próbek i parametrów wiersza poleceń
Odbiorcy i wymagania wstępne¶
Ten kurs zakłada podstawową znajomość następujących zagadnień:
- Doświadczenie z wierszem poleceń
- Podstawowa znajomość formatów plików obrazowych (obrazy TIFF, dane tabelaryczne)
Wymagania techniczne i konfigurację środowiska można znaleźć w mini-kursie Environment Setup.