Orientacja¶

Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia

Środowisko szkoleniowe zawiera wszystkie oprogramowanie, kod i dane niezbędne do pracy z tym kursem szkoleniowym, więc nie musisz niczego instalować samodzielnie. Jednak potrzebujesz (darmowego) konta, aby się zalogować, i powinieneś poświęcić kilka minut na zapoznanie się z interfejsem.

Jeśli jeszcze tego nie zrobiłeś, ukończ mini-kurs Konfiguracja środowiska przed dalszą pracą.

Dostarczone materiały¶

W trakcie tego kursu szkoleniowego będziemy pracować w katalogu nf4-science/rnaseq/, do którego należy przejść po otwarciu obszaru roboczego szkolenia. Ten katalog zawiera wszystkie pliki kodu, dane testowe i pliki pomocnicze, których będziesz potrzebować.

Możesz swobodnie eksplorować zawartość tego katalogu; najłatwiejszym sposobem jest użycie eksploratora plików po lewej stronie obszaru roboczego szkolenia w interfejsie VSCode. Alternatywnie możesz użyć polecenia tree. W trakcie kursu używamy wyjścia tree do przedstawienia struktury katalogów i zawartości w czytelnej formie. Czasami wprowadzamy drobne modyfikacje dla przejrzystości.

Tutaj generujemy spis treści do drugiego poziomu:

tree . -L 3

Zawartość katalogu

rnaseq
├── data
│   ├── genome.fa
│   ├── paired-end.csv
│   ├── reads
│   │   ├── ENCSR000COQ1_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COQ1_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COQ2_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COQ2_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR1_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR1_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR2_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR2_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000CPO1_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000CPO1_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000CPO2_1.fastq.gz
│   │   └── ENCSR000CPO2_2.fastq.gz
│   └── single-end.csv
├── nextflow.config
├── rnaseq.nf
└── solutions
    ├── modules
    │   ├── fastqc.nf
    │   ├── fastqc_pe.nf
    │   ├── hisat2_align.nf
    │   ├── hisat2_align_pe.nf
    │   ├── multiqc.nf
    │   ├── trim_galore.nf
    │   └── trim_galore_pe.nf
    ├── rnaseq-2.1.nf
    ├── rnaseq-2.2.nf
    ├── rnaseq-2.3.nf
    ├── rnaseq-3.1.nf
    ├── rnaseq-3.2.nf
    └── rnaseq_pe-3.3.nf

Uwaga

Nie martw się, jeśli wydaje się to dużo; przejdziemy przez odpowiednie elementy na każdym etapie kursu. To ma jedynie na celu dać Ci przegląd.

Oto podsumowanie tego, co powinieneś wiedzieć, aby zacząć:

Plik rnaseq.nf to zarys skryptu workflow'u, który będziemy rozwijać.
Plik nextflow.config to plik konfiguracyjny, który ustawia minimalne właściwości środowiska. Na razie możesz go zignorować.
Katalog data zawiera dane wejściowe i powiązane zasoby:
Genom referencyjny o nazwie genome.fa składający się z małego regionu ludzkiego chromosomu 20 (z hg19/b37).
Dane RNAseq, które zostały ograniczone do małego regionu, aby zmniejszyć rozmiar plików, w katalogu reads/.
Pliki CSV zawierające identyfikatory i ścieżki przykładowych plików danych, do przetwarzania wsadowego.
Katalog solutions zawiera ukończone skrypty workflow'ów i moduły, które są wynikiem każdego etapu kursu. Mają one służyć jako punkt odniesienia do sprawdzenia Twojej pracy i rozwiązywania ewentualnych problemów. Numer w nazwie pliku odpowiada etapowi odpowiedniej części kursu.

Wskazówka

Jeśli z jakiegokolwiek powodu opuścisz ten katalog, zawsze możesz uruchomić to polecenie, aby do niego wrócić:

cd /workspaces/training/nf4-science/rnaseq

Teraz, aby rozpocząć kurs, kliknij strzałkę w prawym dolnym rogu tej strony.