Opções de ambiente¶
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Nosso objetivo é fornecer um ambiente consistente e completamente testado que permita aos alunos se concentrarem em aprender Nextflow sem ter que gastar tempo e esforço gerenciando software. Para isso, desenvolvemos um ambiente em contêiner que contém todo o software necessário, arquivos de código e dados de exemplo para trabalhar em todos os nossos cursos.
Este ambiente em contêiner pode ser executado diretamente no Github Codespaces ou localmente no VS Code com a extensão Devcontainers.
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Github Codespaces
GitHub Codespaces é um serviço baseado na web que nos permite fornecer um ambiente pré-construído para treinamento, com todas as ferramentas e dados incluídos, apoiado por máquinas virtuais na nuvem. É acessível gratuitamente para qualquer pessoa com uma conta Github.
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Devcontainers Locais
VS Code com Devcontainers fornece um ambiente de desenvolvimento em contêiner executado localmente com todas as ferramentas de treinamento pré-configuradas. Oferece o mesmo ambiente pré-construído do Codespaces, mas executando inteiramente em seu hardware local.
Instruções para instalação manual¶
Se nenhuma das opções acima atender às suas necessidades, você pode replicar este ambiente em seu próprio sistema local instalando as dependências de software manualmente e clonando o repositório de treinamento.
Descontinuação do Gitpod
O Treinamento Nextflow costumava usar o Gitpod até fevereiro de 2025. No entanto, os criadores do Gitpod decidiram encerrar a funcionalidade gratuita em favor do sistema Gitpod Flex. Por esse motivo, mudamos para o uso do GitHub Codespaces, que também oferece um ambiente de desenvolvimento com um clique, sem configuração prévia.
Dependendo de quando você se cadastrou no Gitpod e quando exatamente eles encerrarem o serviço, você ainda pode conseguir iniciar o treinamento em seu antigo IDE na nuvem, embora não possamos garantir acesso confiável daqui para frente: Abrir no Gitpod.