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Inicie um ambiente de treinamento

Para usar o ambiente pré-construído que fornecemos no GitHub Codespaces, clique no botão "Open in GitHub Codespaces" abaixo. Para outras opções, consulte Opções de ambiente.

Recomendamos abrir o ambiente de treinamento em uma nova aba ou janela do navegador (use clique com botão direito, ctrl-clique ou cmd-clique dependendo do seu equipamento) para que você possa continuar lendo enquanto o ambiente carrega. Você precisará manter essas instruções abertas em paralelo para acompanhar o curso.

Noções básicas do ambiente

Este ambiente de treinamento contém todo o software, código e dados necessários para trabalhar no curso de treinamento, então você não precisa instalar nada por conta própria.

O codespace é configurado com uma interface VSCode, que inclui um explorador de sistema de arquivos, um editor de código e um terminal shell. Todas as instruções dadas durante o curso (por exemplo, 'abra o arquivo', 'edite o código' ou 'execute este comando') se referem a essas três partes da interface do VSCode, salvo indicação em contrário.

Se você está trabalhando neste curso por conta própria, por favor, familiarize-se com as noções básicas do ambiente para mais detalhes.

Requisitos de versão

Este treinamento é projetado para Nextflow 25.10.2 ou posterior com o analisador de sintaxe v2 ATIVADO. Se você está usando um ambiente local ou personalizado, certifique-se de estar usando as configurações corretas conforme documentado aqui.

Prepare-se para trabalhar

Assim que seu codespace estiver em execução, há duas coisas que você precisa fazer antes de mergulhar no treinamento: definir seu diretório de trabalho para este curso específico e dar uma olhada nos materiais fornecidos.

Defina o diretório de trabalho

Por padrão, o codespace abre com o diretório de trabalho definido na raiz de todos os cursos de treinamento, mas para este curso, trabalharemos no diretório hello-nextflow/.

Mude de diretório agora executando este comando no terminal:

cd hello-nextflow/

Você pode configurar o VSCode para focar neste diretório, de modo que apenas os arquivos relevantes apareçam na barra lateral do explorador de arquivos:

code .

Dica

Se por algum motivo você sair deste diretório (por exemplo, seu codespace adormecer), você pode sempre usar o caminho completo para retornar a ele, assumindo que você está executando isso dentro do ambiente de treinamento do GitHub Codespaces:

cd /workspaces/training/hello-nextflow

Agora vamos dar uma olhada no conteúdo.

Explore os materiais fornecidos

Você pode explorar o conteúdo deste diretório usando o explorador de arquivos no lado esquerdo do espaço de trabalho de treinamento. Alternativamente, você pode usar o comando tree.

Ao longo do curso, usamos a saída do tree para representar a estrutura e o conteúdo do diretório de forma legível, às vezes com pequenas modificações para maior clareza.

Aqui geramos um índice até o segundo nível:

tree . -L 2

Conteúdo do diretório

.
├── data
│   └── greetings.csv
├── hello-channels.nf
├── hello-config.nf
├── hello-containers.nf
├── hello-modules.nf
├── hello-workflow.nf
├── hello-world.nf
├── nextflow.config
├── solutions
│   ├── 1-hello-world
│   ├── 2-hello-channels
│   ├── 3-hello-workflow
│   ├── 4-hello-modules
│   ├── 5-hello-containers
│   └── 6-hello-config
├── test-params.json
└── test-params.yaml

Clique na caixa colorida para expandir a seção e visualizar seu conteúdo. Usamos seções recolhíveis como esta para incluir a saída esperada do comando de forma concisa.

• Os arquivos .nf são scripts de fluxo de trabalho que são nomeados com base em qual parte do curso eles são usados.

• O arquivo nextflow.config é um arquivo de configuração que define propriedades mínimas do ambiente. Você pode ignorá-lo por enquanto.

• O arquivo greetings.csv em data/ contém dados de entrada que usaremos na maior parte do curso. Ele é descrito na Parte 2 (Canais), quando o introduzimos pela primeira vez.

• Os arquivos test-params.* são arquivos de configuração que usaremos na Parte 6 (Configuração). Você pode ignorá-los por enquanto.

• O diretório solutions contém os scripts de fluxo de trabalho completos que resultam de cada etapa do curso. Eles são destinados a serem usados como referência para verificar seu trabalho e solucionar quaisquer problemas.

Lista de verificação de prontidão

Acha que está pronto para mergulhar?

• Eu entendo o objetivo deste curso e seus pré-requisitos
• Meu ambiente está funcionando
• Eu defini meu diretório de trabalho apropriadamente

Se você pode marcar todas as caixas, está pronto para começar.

Para continuar para a Parte 1: Hello World, clique na seta no canto inferior direito desta página.