O pipeline Hello

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A maioria dos nossos cursos de treinamento usa um pipeline simples e agnóstico de domínio para demonstrar conceitos e mecanismos do Nextflow. O curso Hello Nextflow mostra como desenvolver este pipeline passo a passo, explicando cada decisão de design e implementação. Outros treinamentos usam este pipeline, ou partes dele, como ponto de partida.

Esta página resume o estado do pipeline como está ao final do curso Hello Nextflow.

Descrição resumida

O fluxo de trabalho Hello recebe um arquivo CSV contendo saudações, escreve-as em arquivos separados, converte cada uma para maiúsculas, coleta-as de volta juntas e gera um único arquivo de texto contendo uma imagem ASCII de um personagem divertido dizendo as saudações.

Etapas do fluxo de trabalho (processos)

As quatro etapas são implementadas como processos Nextflow (sayHello, convertToUpper, collectGreetings e cowpy) armazenados em arquivos de módulo separados.

1. sayHello: Escreve cada saudação em seu próprio arquivo de saída (ex: "Hello-output.txt")
2. convertToUpper: Converte cada saudação para maiúsculas (ex: "HELLO")
3. collectGreetings: Coleta todas as saudações em maiúsculas em um único arquivo de lote
4. cowpy: Gera arte ASCII usando a ferramenta cowpy

Diagrama

Resultados

Os resultados são publicados em um diretório chamado results/, e a saída final do pipeline (quando executado com parâmetros padrão) é um arquivo de texto contendo arte ASCII de um peru dizendo as saudações em maiúsculas.

results/cowpy-COLLECTED-test-batch-output.txt

  _________
/ BONJOUR \
| HELLO   |
\ HOLà    /
---------
  \                                  ,+*^^*+___+++_
  \                           ,*^^^^              )
    \                       _+*                     ^**+_
    \                    +^       _ _++*+_+++_,         )
              _+^^*+_    (     ,+*^ ^          \+_        )
            {       )  (    ,(    ,_+--+--,      ^)      ^\
            { (\@)    } f   ,(  ,+-^ __*_*_  ^^\_   ^\       )
          {:;-/    (_+*-+^^^^^+*+*<_ _++_)_    )    )      /
          ( /  (    (        ,___    ^*+_+* )   <    <      \
          U _/     )    *--<  ) ^\-----++__)   )    )       )
            (      )  _(^)^^))  )  )\^^^^^))^*+/    /       /
          (      /  (_))_^)) )  )  ))^^^^^))^^^)__/     +^^
        (     ,/    (^))^))  )  ) ))^^^^^^^))^^)       _)
          *+__+*       (_))^)  ) ) ))^^^^^^))^^^^^)____*^
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Você pode encontrar algumas variações nos detalhes dependendo do curso em que o pipeline é apresentado.

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