Nextflow para Genômica

Tradução assistida por IA - saiba mais e sugira melhorias

Este curso de treinamento é destinado a pesquisadores em genômica e áreas relacionadas que estão interessados em desenvolver ou personalizar pipelines de análise de dados. Ele se baseia no treinamento para iniciantes Hello Nextflow e demonstra como usar o Nextflow no contexto específico do domínio de genômica.

Especificamente, este curso demonstra como implementar um pipeline simples de chamada de variantes com GATK (Genome Analysis Toolkit), um pacote de software amplamente utilizado para analisar dados de sequenciamento de alto rendimento.

Vamos começar! Clique no botão "Open in GitHub Codespaces" abaixo para iniciar o ambiente de treinamento (preferencialmente em uma aba separada) e continue lendo enquanto ele carrega.

Objetivos de aprendizagem

Ao trabalhar neste curso, você aprenderá como aplicar conceitos e ferramentas fundamentais do Nextflow a um caso de uso típico de genômica.

Ao final deste workshop, você será capaz de:

• Escrever um fluxo de trabalho linear para aplicar chamada de variantes a uma única amostra
• Manipular arquivos acessórios, como arquivos de índice e recursos de genoma de referência, adequadamente
• Aproveitar o paradigma de dataflow do Nextflow para paralelizar a chamada de variantes por amostra
• Implementar chamada de variantes multi-amostra usando operadores de canal relevantes
• Implementar testes de pipeline por etapa e de ponta a ponta que lidam com idiossincrasias específicas de genômica adequadamente

Pré-requisitos

O curso assume alguma familiaridade mínima com o seguinte:

• Ferramentas e formatos de arquivo comumente usados neste domínio científico
• Experiência com a linha de comando
• Conceitos e ferramentas fundamentais do Nextflow cobertos no treinamento para iniciantes Hello Nextflow

Para requisitos técnicos e configuração de ambiente, consulte o mini-curso Configuração de Ambiente.