Orientação¶

Tradução assistida por IA - saiba mais e sugira melhorias

O ambiente de treinamento contém todo o software, código e dados necessários para trabalhar neste curso de treinamento, então você não precisa instalar nada por conta própria. No entanto, você precisa de uma conta (gratuita) para fazer login, e deve dedicar alguns minutos para se familiarizar com a interface.

Se você ainda não o fez, por favor complete o mini-curso de Configuração do Ambiente antes de prosseguir.

Materiais fornecidos¶

Ao longo deste curso de treinamento, trabalharemos no diretório nf4-science/rnaseq/, para o qual você precisa se mover ao abrir o espaço de trabalho de treinamento. Este diretório contém todos os arquivos de código, dados de teste e arquivos acessórios que você precisará.

Sinta-se à vontade para explorar o conteúdo deste diretório; a maneira mais fácil de fazer isso é usar o explorador de arquivos no lado esquerdo do espaço de trabalho de treinamento na interface do VSCode. Como alternativa, você pode usar o comando tree. Ao longo do curso, usamos a saída do tree para representar a estrutura e o conteúdo do diretório de forma legível, às vezes com pequenas modificações para maior clareza.

Aqui geramos um índice de conteúdo até o segundo nível:

tree . -L 3

Conteúdo do diretório

rnaseq
├── data
│   ├── genome.fa
│   ├── paired-end.csv
│   ├── reads
│   │   ├── ENCSR000COQ1_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COQ1_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COQ2_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COQ2_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR1_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR1_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR2_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR2_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000CPO1_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000CPO1_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000CPO2_1.fastq.gz
│   │   └── ENCSR000CPO2_2.fastq.gz
│   └── single-end.csv
├── nextflow.config
├── rnaseq.nf
└── solutions
    ├── modules
    │   ├── fastqc.nf
    │   ├── fastqc_pe.nf
    │   ├── hisat2_align.nf
    │   ├── hisat2_align_pe.nf
    │   ├── multiqc.nf
    │   ├── trim_galore.nf
    │   └── trim_galore_pe.nf
    ├── rnaseq-2.1.nf
    ├── rnaseq-2.2.nf
    ├── rnaseq-2.3.nf
    ├── rnaseq-3.1.nf
    ├── rnaseq-3.2.nf
    └── rnaseq_pe-3.3.nf

Note

Não se preocupe se isso parecer muito; vamos passar pelas partes relevantes em cada etapa do curso. Isso é apenas para dar uma visão geral.

Aqui está um resumo do que você deve saber para começar:

O arquivo rnaseq.nf é o esboço do script do fluxo de trabalho que desenvolveremos.
O arquivo nextflow.config é um arquivo de configuração que define propriedades mínimas do ambiente. Você pode ignorá-lo por enquanto.
O diretório data contém dados de entrada e recursos relacionados:
Um genoma de referência chamado genome.fa consistindo de uma pequena região do cromossomo humano 20 (de hg19/b37).
Dados de RNAseq que foram reduzidos a uma pequena região para manter os tamanhos de arquivo menores, no diretório reads/.
Arquivos CSV listando os IDs e caminhos dos arquivos de dados de exemplo, para processamento em lotes.
O diretório solutions contém os scripts de fluxo de trabalho completos e módulos que resultam de cada etapa do curso. Eles são destinados a serem usados como referência para verificar seu trabalho e solucionar quaisquer problemas. O número no nome do arquivo corresponde à etapa da parte relevante do curso.

Tip

Se por algum motivo você sair deste diretório, você sempre pode executar este comando para retornar a ele:

cd /workspaces/training/nf4-science/rnaseq

Agora, para começar o curso, clique na seta no canto inferior direito desta página.