Kurs özeti¶

Yapay Zeka Destekli Çeviri - daha fazla bilgi ve iyileştirme önerileri

Nextflow Run eğitim kursunu tamamladığınız için tebrikler!

Yolculuğunuz¶

Çok temel bir workflow ile başladınız ve onu çalıştırmayı, çıktıları bulmayı ve çalışmasını yönetmeyi öğrendiniz. Ardından, bu workflow'un giderek daha karmaşık versiyonları üzerinde çalıştınız ve channel'lar ile operatörler, kod modülerleştirme ve konteynerlar dahil Nextflow pipeline'larına güç veren temel kavramları ve mekanizmaları tanımayı öğrendiniz. Son olarak, tercihlerinize ve hesaplama altyapınıza uyması için bir pipeline'ın yapılandırmasını nasıl özelleştireceğinizi öğrendiniz.

Ne öğrendiniz¶

Artık Hello pipeline'ının çalışmasını yönetebilir, nasıl yapılandırıldığını tanımlayabilir ve dahil olan ana kod parçalarını tanımlayabilirsiniz.

Hello workflow'unun son hali, girdi olarak metin selamlamaları içeren bir CSV dosyası alır.
Dört adım, ayrı modül dosyalarında saklanan Nextflow process'leri olarak uygulanır (sayHello, convertToUpper, collectGreetings ve cowpy).
Sonuçlar results/ adlı bir dizine yayınlanır.
Pipeline'ın nihai çıktısı, büyük harfli selamlamaları söyleyen bir karakterin ASCII art'ını içeren düz metin dosyasıdır.

sayHello: Her selamlamayı kendi çıktı dosyasına yazar (örn. "Hello-output.txt")
convertToUpper: Her selamlamayı büyük harfe dönüştürür (örn. "HELLO")
collectGreetings: Tüm büyük harfli selamlamaları tek bir batch dosyasına toplar
cowpy: cowpy aracını kullanarak ASCII art oluşturur

Workflow yapılandırması, girdilerin ve parametrelerin esnek, tekrar üretilebilir bir şekilde sağlanmasını destekler.

Kazanılan beceriler¶

Bu uygulamalı kurs sayesinde şunları öğrendiniz:

Nextflow workflow'unu yerel olarak başlatma
Nextflow tarafından oluşturulan çıktıları (sonuçlar) ve log dosyalarını bulma ve yorumlama
Basit çok adımlı bir workflow'u oluşturan temel Nextflow bileşenlerini tanıma
Operatörler ve channel factory'leri gibi ileri adım kavramlarını tanımlama
Pipeline'ları farklı hesaplama ortamları için yapılandırma

Artık mevcut Nextflow pipeline'larını kendi çalışmanıza entegre etmeye başlamak için temel bilgilerle donatıldınız.

Becerilerinizi geliştirmek için sonraki adımlar¶

Sırada ne yapacağınız için en iyi önerilerimiz:

Sadece Nextflow çalıştırmayın, yazın! Hello Nextflow ile Nextflow geliştiricisi olun
Bilimsel analiz kullanım durumlarına Nextflow uygulayın: Nextflow for Science
Hello nf-core ile nf-core'a başlayın
Debugging Side Quest ile hata ayıklama tekniklerini öğrenin

Son olarak, Nextflow'un yaratıcıları tarafından geliştirilen bulut tabanlı bir platform olan Seqera Platform'a bakmanızı öneririz; workflow'larınızı başlatmayı ve yönetmeyi, verilerinizi yönetmeyi ve herhangi bir ortamda etkileşimli analizler çalıştırmayı çok daha kolay hale getirir.

Yardım alma¶

Yardım kaynakları ve topluluk desteği için Yardım sayfasına bakın.

Geri bildirim anketi¶

Devam etmeden önce, lütfen kurs anketini doldurmak için bir dakikanızı ayırın! Geri bildirimleriniz, eğitim materyallerimizi herkes için iyileştirmemize yardımcı olur.

Ankete katıl