Genomik için Nextflow¶

Yapay Zeka Destekli Çeviri - daha fazla bilgi ve iyileştirme önerileri

Bu eğitim kursu, veri analizi pipeline'larını geliştirmek veya özelleştirmek isteyen genomik ve ilgili alanlardaki araştırmacılar için tasarlanmıştır. Hello Nextflow başlangıç eğitimi üzerine inşa edilmiştir ve Nextflow'un genomik alanının özel bağlamında nasıl kullanılacağını gösterir.

Özellikle bu kurs, yüksek verimli dizileme verilerini analiz etmek için yaygın olarak kullanılan bir yazılım paketi olan GATK (Genome Analysis Toolkit) ile basit bir varyant çağırma pipeline'ının nasıl uygulanacağını göstermektedir.

Haydi başlayalım! Eğitim ortamını başlatmak için aşağıdaki "Open in GitHub Codespaces" düğmesine tıklayın (tercihen ayrı bir sekmede), ardından yüklenirken okumaya devam edin.

Öğrenme hedefleri¶

Bu kursta çalışarak, temel Nextflow kavramlarını ve araçlarını tipik bir genomik kullanım senaryosuna nasıl uygulayacağınızı öğreneceksiniz.

Bu atölye çalışmasının sonunda şunları yapabileceksiniz:

Tek bir örneğe varyant çağırma uygulamak için doğrusal bir workflow yazma
Dizin dosyaları ve referans genom kaynakları gibi yardımcı dosyaları uygun şekilde işleme
Örnek başına varyant çağırmayı paralelleştirmek için Nextflow'un veri akışı paradigmasından yararlanma
İlgili channel operatörlerini kullanarak çok örnekli varyant çağırma uygulama
Genomik-spesifik özgünlükleri uygun şekilde işleyen adım başına ve uçtan uca pipeline testleri uygulama

Ön koşullar¶

Kurs aşağıdakilerle ilgili minimal bir aşinalık varsayar:

Bu bilimsel alanda yaygın olarak kullanılan araçlar ve dosya formatları
Komut satırı deneyimi
Hello Nextflow başlangıç eğitiminde kapsanan temel Nextflow kavramları ve araçları

Teknik gereksinimler ve ortam kurulumu için Ortam Kurulumu mini-kursuna bakın.